SDF格式詳解

SDF格式是由MDLInformation Systems公司開發的分子結構庫文件格式，即Structure Data File，它是一種通用的MOL文件格式的拓展版。SDF文件格式是一種二進位或ASCII格式的化學文件格式，用於存儲和交換化學信息。一個SDF文件可以包含多個分子，每個分子由一個或多個SDF塊組成。

一、SDF格式的基本概念

SDF文件格式通常包含分子的信息，包括名稱，分子式，分子量，分子結構等。在SDF格式中，大多數關鍵字用於存儲原子和它們的屬性。常規的SDF文件包含多個Structured Data Record (SD Record)，每個SD Record是由多行組成的記錄，以空行開始和結束，每一行限制為80個字元以內。通常，SDF文件中各行的具體含義由頭文件(Delimiter Line)指定。一個典型的SDF格式的頭文件為：

   >  mol_name              (A molecule name)

   XCOS       (For internal use only: ChemDraw)

   mrv_supplementary

          Name=SDFV1.1

          Type=Macintosh        (For internal use only: ChemDraw)

          Date=20210415

          Time=163653

   >  mol_type              (Type of the molecule)

   MOL

   >  molecule              (Internal chemical structure)

其中，頭文件中以「>」符號開頭的是關鍵字，括弧後面是關鍵字描述。其中mol_name、mol_type和molecule是SDF 文件的三個必須關鍵欄位。mol_name指定這個分子的名稱，mol_type指定這個分子的類型，通常是”MOL”以表示分子。molecule則記錄分子的具體結構信息。

二、SDF格式的轉換問題

1、SDF格式轉mol2

如果需要將SDF格式文件轉換為mol2格式，可以使用Open Babel進行轉換。用法如下：

    obabel -i sdf file.sdf -o mol2 -O file.mol2

2、如何將文件存為SDF格式

在許多化學軟體中，選擇「存儲」的菜單欄，選擇SDF文件格式進行保存即可。

3、SDF格式的打開方式

SDF格式一般可以用常見的化學軟體打開，如ChemDraw、Accelrys Discovery Studio等。

4、SDF文件用ppt能打開嗎

SDF文件無法直接在PPT中打開，需要使用插件或工具進行轉換。

三、SDF格式的相關問題

1、SD格式轉換

SD格式文件可以通過Open Babel工具進行轉換，最常見的是轉換為SDF格式。用法如下：

    obabel input.sdf -o sd -O output.sd

2、SDF格式化學

SDF格式化學是指通過SDF文件存儲、交換和處理關於分子結構信息的化學數據。SDF格式是一種標準的化學文件格式，被廣泛應用於化學計量學和分子信息學領域。

3、SD格式標準

SD格式是一種數據交換格式，用於表示關於化合物或組分的結構信息。SD格式的標準由國際標準化組織（ISO）發布，被廣泛應用於化學信息管理界和化學信息系統領域。

4、SDF格式文件用什麼打開

SDF文件可以使用常見的化學軟體打開，如ChemDraw、Accelrys Discovery Studio等。

5、SDF格式是3d結構嗎

SDF格式可以存儲分子的三維結構信息，但是也可以只包含二維平面結構。在SDF文件中，關鍵字”M END”前是該分子的結構信息，可以是二維平面結構數據或三維結構數據。