一、下載Bowtie2
1、打開Bowtie2官網（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml），找到下載頁面。
2、下載對應操作系統的Bowtie2軟體。
二、安裝Bowtie2
1、解壓下載的Bowtie2軟體包。
tar xjf bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip
2、將解壓後的Bowtie2目錄移動到系統的可執行程序目錄中。
sudo mv bowtie2-2.4.4-linux-x86_64 /usr/local/bin/
3、設置可執行許可權。
sudo chmod +x /usr/local/bin/bowtie2*
三、配置Bowtie2
1、添加Bowtie2路徑到環境變數中。
export PATH=$PATH:/usr/local/bin/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64
2、創建一個Bowtie2索引。
bowtie2-build reference.fasta index_name
四、運行Bowtie2
1、查看Bowtie2幫助文檔。
bowtie2 --help
2、運行Bowtie2。
bowtie2 -p 4 -x index_name -1 read1.fq -2 read2.fq -S output.sam
五、全局配置
1、創建全局配置文件。
vi /etc/profile.d/bowtie2.sh
2、在文件中添加如下內容，並保存。
export BOWTIE2_HOME=/usr/local/bin/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64
export PATH=$BOWTIE2_HOME:$PATH
3、使配置生效。
source /etc/profile.d/bowtie2.sh
六、卸載Bowtie2
1、刪除Bowtie2目錄。
sudo rm -rf /usr/local/bin/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64
2、刪除Bowtie2全局配置。
sudo rm /etc/profile.d/bowtie2.sh
3、刪除Bowtie2索引。
rm index_name.*
七、總結
本文介紹了Bowtie2的下載、安裝、配置、運行以及卸載的詳細步驟，希望對大家有所幫助。
原創文章，作者：GFLGU，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-tw/n/330179.html
微信掃一掃 
支付寶掃一掃 