基於GenomeBrowser的基因組瀏覽器的詳細闡述

一、簡介

GenomeBrowser是一種允許用戶瀏覽基因組並導航到不同基因、SNP和其他功能的工具。它在研究基因組結構和功能的過程中起著重要的作用，包括發現新基因、解析基因組結構和功能以及比較不同物種的基因組。GenomeBrowser把基因組數據可視化，幫助用戶在各種注釋信息、DNA序列、基因家族和其他重要生物學特徵之間進行導航和可視化比較。本文將介紹GenomeBrowser的基本知識和使用方法。

二、基本功能和用途

1、查看基因組結構和功能

通過使用GenomeBrowser，用戶可以查看基因組中的基因和其他功能元素的位置。使用圖形界面和搜索工具，用戶可以快速找到感興趣的特定基因或位點。

<div id="example1" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "Public Human",
    chr: "HG19",
    container: "example1",
    sources: [{
        name: "UCSC Genes",
        type: "annotation",
        format: "bed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/ucscGenes.bed.gz"
    }]
});
</script>

2、比較不同物種和樣本的基因組瀏覽

GenomeBrowser支持多種基因組比較方法。用戶可以比較不同物種或不同樣本的基因組，將注釋信息和變異位點進行可視化，以幫助解釋和比較生物學過程和現象。

<div id="example2" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "Human vs. Mouse",
    chrs: ["HG19", "MM9"],
    refSeqs: [
        { id: "hg19", name: "Homo sapiens (hg19)", path: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19.2bit" },
        { id: "mm9", name: "Mus musculus (mm9)", path: "http://www.biodalliance.org/datasets/mm9.2bit" }
    ],
    container: "example2",
    sources: [{
        name: "Human RefSeq genes",
        type: "annotation",
        format: "bigbed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/refseq.bb"
    }, {
        name: "Mouse RefSeq genes",
        type: "annotation",
        format: "bigbed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/mm9/refseq.bb"
    }]
});
</script>

三、工具和高級功能

1、選定基因/區域並導航

使用GenomeBrowser，用戶可以指定任何一個基因或區域，快速地導航到該區域。同時，用戶還可以選擇特定的注釋類型和搜索功能，以便有效的查找和導航到感興趣的功能元素。

2、自定義樣式和布局

GenomeBrowser支持用戶自定義布局和配置，以便更好地滿足用戶的需求。通過更改顏色、字體、注釋類型等設置，用戶可以使基因組數據更易讀、更有認知價值。

<div id="example3" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "Custom Layout",
    chr: "HG19",
    start: 95000000,
    end: 95050000,
    container: "example3",
    sources: [{
        name: "UCSC Genes",
        type: "annotation",
        format: "bed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/ucscGenes.bed.gz"
    }],
    ui: {
        showToolBar: true,
        showCommandBar: true,
        showNavigator: true,
        showTrackSettings: true,
        showTrackLabels: "onmouseover"
    },
    layout: [{
        id: "refseqs",
        type: "native",
        format: "native",
        dataType: "json",
        height: 50,
        key: "feature",
        dataFrom: "input"
    }],
    style: {
        "<html><head><style>.title { color: red; }</style></head><body>": true,
        ".title": {
            fontSize: "x-large",
            fontWeight: "bold"
        }
    }
});
</script>

3、分析和可視化數據

GenomeBrowser對於數據的分析和可視化也提供了較強支持。用戶可以更改圖像中數據的處理方式、顏色和顯示方式，以更好地表現和理解該數據。

<div id="example4" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "ChIP-Seq Data",
    chr: "HG19",
    start: 79296128,
    end: 79346128,
    container: "example4",
    sources: [{
        name: "ChIP-seq example",
        type: "quantitative",
        format: "bedgraph",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/chipseq.bb",
        opacity: 0.75
    }],
    sourcesOverlay: [{
        name: "UCSC Genes",
        type: "annotation",
        format: "bigbed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/refseq.bb"
    }],
    style: {
        ".zoom-slider": {
            backgroundColor: "white"
        },
        ".tooltip": {
            border: "1px solid gray",
            padding: "5px"
        },
        ".hilite": {
            backgroundColor: "#DDD"
        },
        ".default": {
            backgroundColor: "rgba(111, 168, 220, 0.7)",
            border: "none"
        }
    },
    ui: {
        showTrackSettings: true,
        showDataRangeControls: true,
        showNavButton: true,
        showSelectorButton: true,
        showShareButton: false
    },
    analysis: {
        type: "minMax",
        height: 60,
        style: {
            ".highlight": {
                backgroundColor: "#696",
                opacity: "0.5"
            }
        }
    }
});
</script>

四、結論

通過GenomeBrowser，用戶可以瀏覽和可視化不同物種的基因組數據，進而了解基因組結構和功能。GenomeBrowser具有豐富的功能和工具，使用戶能夠有效分析、比較和理解基因組數據。

原創文章，作者：小藍，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-tw/n/240017.html