KEGG富集分析結果解讀

一、GO富集分析結果解讀

KEGG富集分析與GO富集分析常一起使用。GO富集分析結果主要分為三個方面：Biological Process，Cellular Component和Molecular Function。在Biological Process方面，富集程度高的條目表示樣本中相關的生物過程較為活躍或特異化。在Cellular Component方面，富集程度高的條目反映出樣本細胞內部的亞細胞結構特徵或膜定位特徵。在Molecular Function方面，富集程度高的條目則表示樣本內一些基因在分子功能上的一些特徵。

下面是示例代碼：

<img src="go_enrichment_analysis.png" />

二、KEGG富集分析的結果說明什麼

KEGG富集分析是一種對基因集的通路分布進行分析的方法。在KEGG通路資料庫中，為每條生物通路都標記了相關的基因列表，這些基因會在通路中發揮相應的作用。KEGG富集分析通過比較您所提供的基因集在KEGG通路中的富集程度，來尋找與該樣本與眾不同的通路。具體來說，富集分析計算基因列表中某個KEGG通路中具有代表性的比例是否統計顯著高於預期的隨機選擇。如果P值很低（通常是<0.05），那麼就可以認為該通路在該樣本中是顯著富集的。

三、KEGG富集分析氣泡圖

KEGG富集分析常用的可視化方式是氣泡圖。氣泡圖中，每個小氣泡代表一個KEGG路徑，氣泡大小反映富集分析的顯著程度，顏色則是富集級別。通常，越大的氣泡表示富集程度越顯著，顏色也越深（例如紅色）。氣泡圖可以快速準確地了解樣品在哪些通路上富集，同時還可以明確富集程度，是在KEGG富集分析中常用的可視化方式之一。

下面是示例代碼：

<img src="kegg_enrichment_bubble_chart.png" />

四、KEGG pathway富集分析

KEGG pathway富集分析結果顯示出與您的實驗中顯著富集的KEGG通路。表格中每行代表了一個KEGG通路，包含通路名稱、通路ID、基因數、背景基因數、富集比、FDR值等信息。此表格中的每個數字均為超鏈接，包含進入KEGG資料庫相應頁面的鏈接。

下面是示例代碼：

<img src="kegg_enrichment_pathway_table.png" />

五、KEGG和GO富集分析

KEGG富集分析和GO富集分析都是用於確定樣本/基因集中與特定功能和通路相關的基因富集的統計方法。GO富集分析主要關注生物過程、分子功能和細胞組分，而KEGG富集分析則關注pathway。套用需要KEGG富集分析的GO類別的方法時，我們會遇到一個名為GO2KEGG的轉換過程，就是將GO條目與相應的KEGG通路轉換為組件的列表，這樣您就可以對KEGG資料庫中的特定通路進行富集分析。

六、KEGG通路富集分析結果解讀

KEGG通路富集分析結果表示您在KEGG通路層面上富集的條目。每個KEGG通路條目都包含通路名稱，通路ID，基因數，預期富集的基因數，富集比，FDR值等信息。此外，KEGG通路富集分析還提供了氣泡圖等可視化方式，使您能夠直觀地了解您的數據在哪些KEGG通路上顯著富集，以及不同通路富集的水平有多麼顯著。

七、KEGG富集分析是什麼意思

KEGG富集分析是一種對給定的基因列表進行KEGG路徑定位，分析其功能分布或其他重要的生物學特徵。它利用基因集合中所富含的顯著路徑信息，研究富集在某些通路上的基因是否極具貢獻性、是否具有生物學意義。KEGG富集分析是機理研究和轉化醫學研究的重要手段。

八、KEGG通路富集分析意義

KEGG通路富集分析可以幫助研究者了解某個生物學過程在基因組中的分布狀況。分析器會將所尋找到的通路進行富集分析，一般來說， P-value 越小，表示富集越顯著。對於大量基因數據的分析，KEGG通路富集分析結果可以幫助研究者更加全面地了解這些富集通路對應生物過程以及分類差異。KEGG富集分析結果對於深入理解細胞生物學和生物化學具有重要價值。

九、KEGG富集分析如何理解

KEGG富集分析是通過對KEGG通路資料庫中的通路基因和分析數據中提供的基因進行匹配，查找哪些通路與輸入數據相關。然後通過統計顯著性來確定這些通路是否富集。KEGG通路資料庫是關注生物體內的大量生物過程和代謝通路等註冊的資料庫。KEGG富集分析是將您所提供的基因列表映射到KEGG通路上，以便您更好地了解這些基因如何參與細胞內的生物過程。

十、KEGG富集分析圖解

下面是KEGG富集分析常用的圖表，輔助您更好地了解富集分析結果。

氣泡圖

氣泡圖是KEGG富集分析中廣泛使用的圖表。繪製的氣泡越大，表示顯著的富集程度越大。數值越大的通路，在圖表上的位置越靠上。

<img src="kegg_enrichment_bubble_chart.png" />

富集通路表

富集通路表包含富集通路的詳細信息，包括通路名稱，通路ID，富集比，基因數等。您可以根據FDR值來篩選富集通路。

<img src="kegg_enrichment_pathway_table.png" />

柱狀圖

柱狀圖可以幫助您最直觀地了解哪些KEGG通路與您的研究相關，柱狀圖中的柱形條和顏色代表基因差異表現在某些特定通路中表現的顯著程度。

<img src="kegg_enrichment_bar_chart.png" />