一、Velocyto是什麼？
1、Velocyto是一個用於分析單細胞轉錄組數據的工具。
2、Velocyto包含兩位創始人，他們在2018年發表的文章引起了廣泛關注
3、Velocyto利用轉錄前修飾的信號呈現基因速率變化。
# 安裝velocyto
! pip install velocyto
二、Velocyto的特點有哪些？
1、Velocyto可以檢測潛在基因的運輸目的地。
2、Velocyto可以將細胞分為不同的類型，並檢測細胞類型的轉錄變化。
3、Velocyto還可以檢測細胞內基因的位置，從而解析單細胞RNA速率地圖。
# 導入velocyto
import velocyto as vcy
三、Velocyto應用的優勢
1、Velocyto可以處理大規模的單細胞轉錄組數據，並即使實時展示情況。
2、Velocyto提供了多種可視化方法，使得研究人員更好地解析RNA數據。
3、Velocyto具有開源的特點，可以給更多的研究人員提供幫助。
# 讀取數據集
adata = vcy.read_mtx("data.mtx")
# 規範化表達矩陣
adata = vcy.pp.normalize_per_cell(adata)
四、Velocyto的應用場景有哪些？
1、Velocyto可以對腫瘤細胞的獲得性淋巴細胞轉錄組進行分析，啟示腫瘤治療的新思路。
2、Velocyto還可以用於研究不同類型人口的RNA速率變化，以及RNA速率變化與人群健康的關聯。
3、Velocyto還可以用於研究不同組織、不同細胞類型的RNA速率變化，從而深入理解生物學的本質。
# 生成速率圖
vcy.tl.velocity_graph(adata)
# 繪製UMAP圖
vcy.pl.velocity_embedding_stream(adata, basis='umap', color='cell_type', ncols=3)
原創文章，作者：小藍，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-tw/n/231532.html
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