Picrust是一種將16S rRNA測序數據用於生物學樣品的功能進行推斷的計算機程序。Picrust對物種功能分析非常有效。其可以對菌群元組進行功能預測，以便更好地了解群體對於生命的貢獻，從而推斷它們的功能特性。
一、Picrust的發音和含義
Picrust名稱來源於成語「Piecing together the carbon cycle」。其中，「Piecing」代表了整合菌群物種的功能，「carbon cycle」代表了細菌對於生化循環中不同元素的轉換。因此Picrust的功能預測工具，是幫助認識細菌對生命過程中的貢獻，並對未知的菌群進行預測的工具。
二、Picrust的功能預測
Picrust的主要功能主要是對細菌進行功能預測。在分析16S rRNA數據時，通常只能鑒定物種的分布和數量，但無法獲得某一物種的具體功能。因此，在了解一個菌群的時候，我們需要知道它們在什麼樣的環境中生長，以及哪些基因和分子參與其中。利用Picrust進行分析後，我們可以獲得每一個菌群的遺傳種類，並把這些信息與已知的基因信息進行匹配，從而推斷該菌群生態角色和代謝功能。
下面是picrust命令的示例：
pick_closed_reference_otus -i otus.fasta -o otu_table.biom -r silva_132_99_16S.fna -t silva_132_99_16S_taxonomy.txt -p pick_otus_params.txt -n 30 -f原創文章，作者：小藍，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-tw/n/181479.html
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