python寫入vcf,python寫入html文件

本文目錄一覽：

• 1、python怎麼寫入csv文件
• 2、將多個樣本的vcf文件轉化為Phylip輸入格式的python腳本
• 3、python 如何將數據寫入某個csv文件的特定位置?

python怎麼寫入csv文件

import pandas as pd#任意的多組列表a = [1,2,3]

b = [4,5,6]

#字典中的key值即為csv中列名dataframe = pd.DataFrame({‘a_name’:a,’b_name’:b})#將DataFrame存儲為csv,index表示是否顯示行名，default=Truedataframe.to_csv(“test.csv”,index=False,sep=”)1234567891011

a_name b_name0 1 41 2 52 3 61234

同樣pandas也提供簡單的讀csv方法

import pandas as pddata = pd.read_csv(‘test.csv’)12

會得到一個DataFrame類型的data，不熟悉處理方法可以參考pandas十分鐘入門

另一種方法用csv包，一行一行寫入

import csv

#python2可以用file替代open

with open(“test.csv”,”w”) as csvfile:

writer = csv.writer(csvfile)

#先寫入columns_name

writer.writerow([“index”,”a_name”,”b_name”])

#寫入多行用writerows

writer.writerows([[0,1,3],[1,2,3],[2,3,4]])12345678910

index a_name b_name0 1 31 2 32 3 41234

讀取csv文件用reader

import csvwith open(“test.csv”,”r”) as csvfile:

reader = csv.reader(csvfile) #這裡不需要readlines

for line in reader:

print line

將多個樣本的vcf文件轉化為Phylip輸入格式的python腳本

但是phylip又不能直接把vcf文件作為輸入文件，它的輸入格式要求如下

第一行的兩個數字分別為樣本數和SNP數目

第二行的第一列為物種名稱，一定要是10個字元的長度，長度不足可以用空格填充.第二列則是要用於比對的SNP序列。兩列之間沒有分隔符，而且後面的SNP每10個字元有一個空格.

python腳本如下：

可以選擇輸出fasta文件或者phy文件

python 如何將數據寫入某個csv文件的特定位置?

#其實csv文件就是用逗號隔開的文本文件，

#所以只要用python中的open函數打開就可以了。

#我把修改後的文件存為b_out.csv了

b_int={}

for i in open(‘b.csv’).readlines()[1:]:

    j=i.split(‘,’)

    if len(j)2:

        b_int[j[0]]=j[4]

a_int=open(‘a.csv’).readlines()

for i in range(1,len(a_int)):

    a_int_=a_int[i].rstrip().split(‘,’)

    a_int_[-1]=b_int.get(a_int_[4],’0′)

    a_int[i]=’,’.join(a_int_)+’\n’

open(‘b_out.csv’,’w’).write(”.join(a_int))