本文主要介紹如何使用Python獲取DNA序列的互補序列，包含兩種不同的方法及其實現代碼。
一、使用字符串替換實現
第一種方法是使用Python字符串的替換方法，將每個鹼基與其互補鹼基進行替換，從而得到互補序列。以下是實現代碼：
def reverse_complement(seq):
"""
:param seq: 輸入的DNA序列
:return: 返回互補序列
"""
seq = seq.upper()
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
rev_seq = seq[::-1]
rev_comp_seq = "".join(complement[base] for base in rev_seq)
return rev_comp_seq
該函數接受一個DNA序列作為參數，將其變為大寫形式，並創建一個名為complement的字典，將每個鹼基與其互補鹼基進行映射。然後將DNA序列逆序，最後通過字符串替換，得到互補序列。
例如，給定序列「ATCG」，該函數將返回互補序列「CGAT」。
二、使用biopython庫實現
第二種方法是使用biopython庫的Seq模塊實現，可以大大簡化代碼。以下是實現代碼：
from Bio.Seq import reverse_complement seq = "ATCG" rev_comp_seq = reverse_complement(seq) print(rev_comp_seq)
該代碼塊導入了biopython庫中的reverse_complement()函數，並將「ATCG」 DNA序列作為參數傳遞給該函數，返回其互補序列「CGAT」。
三、小結
本文介紹了兩種Python獲取DNA序列互補序列的方法，第一種方法使用字符串替換實現，相對比較繁瑣，但不需要安裝額外的庫。第二種方法使用biopython庫實現，可以大大簡化代碼。
原創文章，作者：XZAIS，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-hk/n/373734.html
微信掃一掃 
支付寶掃一掃 