inchikey – 化學分子的唯一標識符

一、inchikey翻譯

inchikey,也稱為InChI Key,是化學結構標識符InChI(International Chemical Identifier)的一部分,被設計為一個唯一的、不可混淆的化學分子標識符。

在化學領域,每個分子都具有唯一的標識符,以便能夠在各種不同的分子數據庫、查詢和反應中精確地進行標識和匹配。InChI Key是一個統一的標準,在全球範圍內使用,使得實驗室,科學家和公司能夠快速準確地共享和比較數百萬種不同的分子。

二、inchikey是唯一的嗎

作為化學分子的唯一標識符,inchikey在一定程度上是唯一的。它由14個字符組成,其中,前面的14位是分子的InChI,後面的8位是摘要,可以通過SHA-256算法生成。儘管inchikey不是完全唯一的,但在大多數情況下可以確保不同的分子具有不同的inchikey。

然而,在一些罕見的情況下,不同的分子可能會生成相同的inchikey。這通常是由於在生成摘要的過程中,SHA-256算法的限制引起的。因此,在使用inchikey時,需要謹慎比較相似的分子。

三、inchikey怎麼讀

inchikey通常通過在化學領域的技術文章和數據庫中提供了一個簡單的文本字符串來表示,如下所示:

AAZVTRAKZBAGKN-UHFFFAOYSA-N

其中,InChI是分子的標準標識符,如下所示:

InChI=1S/C10H15N5O5P/c11-8-5-9(13 -2-12- 8) 17 (3-16 (22) 23) 6-4-7 (14 -6) 21-22/ h2-4, 6-7, 14 H, 5, 11H2, 1H3,(H, 22, 23)/ t4-, 6-, 7-/ m1/ s1

inchikey的前14個字符用該InChI的默認表示形式表示,最後的8個字符則是InChI摘要的結果。

四、inchikey是什麼意思

inchikey本身不是一個有意義的單詞,但它的構成方式代表着其重要性和特殊性質。

首先,inchi代表國際化學標識符(International Chemical Identifier)的簡寫形式,它是一個非專利的、標準化的化學分子標識符。隨着大量的化學信息產生,inchi為化學領域提供了一個通用的、兼容性很好的標識符,讓化學家和計算機科學家可以輕鬆地進行分子信息的交換和研究。

其次,InChI Key中的『key』代表着唯一標識符的概念。一個唯一標識符可以確保對於每個分子都能夠快速、精確地定位和檢索到相關信息,而不需要進行複雜的數據庫搜索和枚舉。

五、inchikey唯一標識符的代碼示例

在Python中,使用rdkit模塊可以輕鬆地將化學分子轉換為InChI和InChI Key。下面是一個簡單的示例,展示如何使用rdkit生成一個化學分子的InChI Key。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import inchi

mol = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
inchikey = inchi.InchiToInchiKey(inchi.MolToInchi(mol))
print(inchikey)

將輸出以下結果:

UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N

這就是化學分子Cc1ccccc1的InChI Key。

六、inchikey的應用場景

inchikey及其它化學標識符可以應用於眾多化學領域的應用程序中。以下是其中的幾個示例:

1. 存儲和檢索分子信息

通過將化學分子轉換為InChI Key形式,可以快速將其存儲到分子數據庫中,並方便地對其進行檢索和查詢。這對於大規模分子篩選、 drug discovery、化學反應設計等眾多領域都是非常有用的。

2. 分析和比較化學結構

多種化學結構可在界面上便捷地比較、精準區分。可以將不同結構的InChI Key相互比較和匹配,以確定它們是否屬於同一種分子。這對於化學結構的識別和分類是非常有幫助的。

3. 構建和可視化化學反應

帶着一個分子生成它的生成式和反應路徑的方法—transform ,可以實現從輸入到輸出的所有化合物。這就允許了從化學反應圖層到數據存儲形式的無縫切換,而不需要人工干預或外部信息。InChI Key提供的快速精確性是確保反應過程中所有化合物唯一的關鍵,提供了更快捷的生成和可視化化學反應的方法。

七、結論

inchikey代表着化學分子的唯一標識符,它是InChI(International Chemical Identifier)的一部分,用於保證每個分子的唯一性和可檢索性。在化學領域,inchikey被廣泛應用於分子數據庫、反應設計、藥物發現等眾多領域。通過rdkit和其它化學模塊,可以快速地生成和比較inchikey,從而為化學研究和開發提供了有力支持。

原創文章,作者:OTNHC,如若轉載,請註明出處:https://www.506064.com/zh-hk/n/372473.html

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