VMD安裝詳解

一、安裝前準備

在進行VMD軟件安裝前，需要確認以下環境配置：

1、確保操作系統為64位的Linux或Windows系統

2、安裝了對應操作系統版本的CUDA或OpenCL，以便在VMD中使用GPU進行計算加速

3、安裝了對應的圖形庫（如OpenGL, GLX, AGL等），以保證VMD軟件的正常使用

4、下載VMD軟件安裝包

二、安裝步驟

以下為VMD軟件的安裝步驟：

1. 解壓縮安裝包

在終端中輸入以下命令：

tar zxvf vmd-1.9.4a66.bin.tar.gz

其中，vmd-1.9.4a66.bin.tar.gz為下載的VMD軟件安裝包文件名，執行上述命令後，會在當前目錄下生成一個名為vmd-1.9.4a66 的文件夾。

2. 運行安裝程序

在終端中進入vmd-1.9.4a66 目錄，輸入以下命令運行安裝程序：

cd vmd-1.9.4a66
sudo ./configure
sudo make install

執行以上命令後，會自動編譯、鏈接和安裝VMD程序，並將其保存在指定的目錄中。

3. 配置環境變量

在終端中輸入以下命令：

sudo gedit ~/.bashrc

打開bashrc文件，在文件中添加以下內容：

# VMD configuration
export PATH=$PATH:/usr/local/bin/vmd
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/vmd

保存並關閉文件。

4. 運行VMD

在終端中輸入以下命令：

vmd

即可啟動VMD軟件。

三、常見問題及解決方法

1、缺少圖形庫

若在啟動VMD時報錯「vmd: error while loading shared libraries: libGL.so.1」，則說明系統缺少OpenGL庫文件，解決方法如下：

在終端中輸入以下命令：

sudo apt-get install libglu1-mesa

安裝完成後，重新啟動VMD即可。

2、無法找到動態鏈接器

在啟動VMD時報錯「cannot execute binary file: Exec format error」，則說明無法找到動態鏈接器，解決方法如下：

在終端中輸入以下命令：

sudo apt-get install libc6-i386

安裝完成後，重新啟動VMD即可。

3、安裝路徑錯誤

在安裝VMD時，若安裝路徑不正確，則可能會導致無法啟動VMD，解決方法如下：

在終端中輸入以下命令：

sudo configure --prefix=/usr/local/vmd
sudo make install

其中，–prefix=/usr/local/vmd是指定安裝路徑為/usr/local/vmd，根據個人喜好可以更改為其他目錄。