Encori數據庫詳細解析

一、ENA數據庫用法

ENA（European Nucleotide Archive）是歐洲核苷酸存檔庫，是歐洲分子生物學研究所（EMBL）網絡，存儲了全球各地從不同生物界的超過2萬億個鹼基對的描述信息，是當前全球最大的核苷酸序列數據庫之一。

ENCORI數據庫是基於ENA數據庫的基因調控研究平台，致力於基因調控網絡的研究，提供了基於RNA、miRNA和TFs（轉錄因子）的互作網絡、基因表達譜、表觀基因組譜和遺傳突變譜等多種類型的基因組數據，並提供了基於這些數據的分析工具和應用。在ENCORI數據庫中，用戶可以方便地在ENA數據庫中搜索、查詢和獲取自己所需的生物學數據。

下面是一個使用ENA數據庫的例子：

from Bio import Entrez
Entrez.email = "example@xxx.com"
handle = Entrez.einfo()
rec = Entrez.read(handle)
for db in rec["DbList"]:
    print(db)

二、EN數據庫

EN數據庫是生物科學研究中經常使用的基因、蛋白質和代謝產物等生物信息學資料的存儲庫，EN數據庫是ENCORI數據庫的核心部分，包含了大量的生物學數據，包括mRNA、miRNA和TFs等等。EN數據庫所提供的數據可以幫助用戶進行各種類型的基因表達及調控的研究。

下面是一個查詢EN數據庫的例子：

import requests

url = 'http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/addList'
payload = {
    'list': (None, 'CDK2\nP53\nBRCA1\nE2F1\n'),
    'description': (None, 'Example gene list')
}

response = requests.post(url, files=payload)
print(response.json())

三、數據庫onprimary意思

數據庫onprimary意思是數據存儲在計算機本地硬盤上，通常是磁盤陣列等存儲設備，與Network Attached Storage（NAS）和Storage Area Network（SAN）等網絡存儲設備不同，在計算機硬盤上對數據進行存儲，以提高數據的安全性和可靠性。

在ENCORI數據庫中，數據的存儲方式是onprimary方式，這種存儲方式可以保證數據的穩定性和安全性，在數據的傳輸和存儲過程中減少了數據丟失和損壞的風險。

下面是一個使用onprimary存儲方式的例子：

import pymysql

conn = pymysql.connect(host='localhost', user='user', password='password')
cursor = conn.cursor()

cursor.execute('CREATE DATABASE onprimary_test')
cursor.execute('USE onprimary_test')
cursor.execute('CREATE TABLE users (id INT, name VARCHAR(255), age INT)')

cursor.execute('INSERT INTO users VALUES (1, "Alice", 25)')
cursor.execute('INSERT INTO users VALUES (2, "Bob", 30)')

conn.commit()

cursor.execute('SELECT * FROM users')
for row in cursor.fetchall():
    print(row)

conn.close()

四、基因調控研究平台

ENCORI數據庫是基於ENA數據庫之上的一種基因調控研究平台，它是一個多功能的工具，可以幫助用戶進行基因調控網絡的研究，提供了RNA、miRNA和TFs之間的互作網絡、基因表達譜、表觀基因組譜和遺傳突變譜等多種類型的基因組數據，這些數據可以幫助用戶進行各種類型的基因表達及調控的研究。

下面是一個基於ENCORI數據庫進行基因調控研究的例子：

import requests

url = 'http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/enrich'
genes = ['JUN', 'FOS', 'CDKN1A', 'MAPK1']

payload = {
    'list': (None, '\n'.join(genes)),
    'backgroundType': (None, 'Total'),
    'enrichrDescriptions': (None, 'Example enrichment'),
    'userListId': (None, '')
}

response = requests.post(url, files=payload)
print(response.json())