bam文件詳解

一、bam文件格式

BAM（Binary Alignment Map）文件是一種二進制格式的對齊文件，通常是從SAM格式（Sequence Alignment Map）文件轉換而來。BAM文件中包含原始DNA序列和測定序列的比對結果，用於基因組序列的比對和測序數據的存儲。

BAM文件主要由四部分組成：文件頭、比對文本、注釋記錄和序列記錄。文件頭描述了BAM文件的來源和結構，而比對文本則記錄了原始DNA序列和測定序列的比對結果，注釋記錄和序列記錄則分別包含了針對比對文本的注釋信息和原始序列信息。

    ...省略部分代碼...
    @HD VN:1.0 SO:coordinate
    @SQ SN:MT LN:16569
    @RG ID:sample1 SM:sample1
    @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.3.4.1
    ...
    1   163 chr1    569639  60  76M =   569270  -445 NM:i:0  MD:Z:76 ...省略部分
    ...

二、bam文件和排序後的文件

與SAM文件一樣，BAM文件不排序會給後續的分析帶來極大的不便。排序後的BAM文件按照染色體的編號和起始位置進行排序，可以方便的進行基因組序列的比對分析、注釋等操作。排序可以使用SAMtools等工具進行。

三、bam文件內容

BAM文件中的比對文本記錄了原始DNA序列和測定序列之間的比對信息，包含了一些元素的信息，例如測定序列的標識符、比對位置、匹配程度等等。比對文本使用Tab分隔符分隔，具體格式如下：

    QNAME   FLAG    RNAME   POS MAPQ    CIGAR   RNEXT   PNEXT   TLEN    SEQ QUAL    OPTIONAL FIELDS

其中，QNAME代表測定序列的標識符，FLAG是一個bitwise flag，表示比對結果的一些特徵；RNAME表示比對的染色體編號；POS表示比對位置；MAPQ是比對質量值；CIGAR描述了比對結果的一些特徵，例如match、insertion、deletion等等；SEQ表示測定序列的鹼基序列；QUAL表示測定序列的質量值。

四、bam文件go

BAM文件是基因組序列比對和測序數據存儲的重要文件格式，可以通過BAM文件進行基因組序列的注釋、變異檢測、差異表達等分析。通過編程語言如Go可以方便地讀取BAM文件中的比對結果，進行基因組序列的分析和挖掘。

    ...省略部分代碼...
    package main

    import (
        "fmt"
        "github.com/biogo/hts/bam"
        "github.com/biogo/hts/sam"
        "os"
    )

    func main() {
        f, err := os.Open("sample.bam")
        if err != nil {
            panic(err)
        }
        defer f.Close()

        r, err := bam.NewReader(f, 0)
        if err != nil {
            panic(err)
        }
        defer r.Close()

        for {
            rec, err := r.Read()
            if err != nil {
                if err != io.EOF {
                    panic(err)
                }
                break
            }
            // Do something with the record...
            fmt.Printf("%v\n", rec)
        }
    }

五、bam文件可視化

可以使用一些工具對BAM文件進行可視化，例如IGV（Integrative Genomics Viewer）。IGV可以加載BAM文件，並將其顯示在基因組序列上，方便進行基因組序列的可視化、定位、注釋等操作。

六、bam文件是什麼意思

BAM文件是用於存儲基因組序列比對和測序數據的二進制格式文件，可用於基因組序列的注釋、變異檢測、差異表達等分析。

七、bam文件格式詳解

BAM文件是由比對後的BAM記錄組成的，其中包含了一些必要的頭信息，例如版本號、參考序列等等。

    ...省略部分代碼...
    # The format definition starts:
    ## The mandatory SAM header declaration
    @HD Version:1.5  SO:coordinate
    ## At least one reference sequence must be declared using a mandatory @SQ declaration for each reference.
    @SQ SN:ref LN:45
    ## Additional meta information can be declared using @RG, @PG, or @CO declarations
    @RG ID:test    SM:sample
    ## An individual read's alignment is declared with a SAM
    @SQ SN:ref LN:45
    @RG ID:test    SM:sample
    test1   0   ref 30  50  4M  *   0   0   AAAA    IIII    NM:i:0
    ...

八、bam文件用什麼打開

BAM文件可以使用一些序列比對和測序分析軟件進行打開，例如SAMtools、IGV、BEDTools等等。此外，也可以使用文本編輯器查看BAM文件，但由於其是二進制格式的文件，故需要特殊的比對軟件來讀取和解釋。

九、bam文件截取

可以使用SAMtools等工具對BAM文件進行截取，可以根據染色體編號，起始位置和終止位置來進行截取。例如，以下命令可以截取BAM文件中染色體chr1中起始位置在1000和2000之間的比對結果：

    samtools view -b input.bam chr1:1000-2000 > output.bam

十、bam文件提取基因選取

可以使用一些工具從BAM文件中提取基因選取，例如BEDTools。BEDTools可以從BAM文件中提取基因組區域中的比對結果，並將其轉換為BED格式文件進行分析和可視化。

    ...省略部分代碼...
    bedtools bamtobed -i input.bam > output.bed

原創文章，作者：小藍，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-hk/n/252934.html