大家都知道，MATLAB中有個Profiler，可以幫助我們剖析M文件，找出瓶頸所在以便優化。如果優化後在MATLAB中運行時間還是難以忍受，這時如果沒有更好的算法供選擇，可以考慮用MATLAB的外部程序接口來試試。如果程序中的循環和矩陣操作比較多，同樣的程序轉成Fortran MEX後速度通常會有10x甚至100x以上的提高。

如果MEX運行時間還比較慢怎麼辦？能不能類似於MATLAB中剖析M文件那樣，對MEX進行剖析並找出瓶頸予以優化呢？幾經摸索，筆者終於發現了兩個不錯的方法。

MEX有C和Fortran兩種。下面的方法針對Fortran MEX文件的剖析，對C MEX可能也適用。需要的軟件如下：Microsoft Visual Studio 專業版、MATLAB、Intel Visual Fortran、Intel Vtune Performance Analyzer或Intel VTune Amplifier。

方法一：利用Visual Studio 的性能工具

1. 在MATLAB中用mex編譯得到MEX文件（擴展名.mexw32或.mexw64）。注意要用-g開關來編譯。例如：mex -v -g source.F。只有這樣才剖析時才會分析其中調用的各subroutine。
2. 打開VS，依次選擇工具->性能工具->性能嚮導
3. 從下拉框中選擇「分析動態鏈接庫(.DLL)」，點擊「下一步」
4. 點擊「DLL路徑」文本框右側的按鈕，從下面文件類型框選擇「所有文件」，找到要剖析的MEX文件，點擊「確定」。也可以直接輸入路徑。例如：C:\……\source.mexw32
5. 點擊「可執行文件路徑」文本框右側的按鈕，找到matlab.exe文件，點擊「確定」。與上一步一樣，也可直接輸入路徑。例如：C:\Program Files\MATLAB\R2008a\bin\matlab.exe
6. 點擊「下一步」，選擇「採樣」，「下一步」，「完成」。只有選「採樣」才能附加到MATLAB進程。
7. 在VS右側的「性能資源管理器」中右擊最頂層，選擇「附加/分離」，然後從彈出來的對話框中選擇MATALB進程，點擊「附加」。
8. 在MATLAB中運行你的程序，在程序結束後返回VS，在「性能資源管理器」中右擊最頂層，選擇「附加/分離」，然後從彈出的對話框中選擇MATLAB進程，點擊「分離」。
9. VS會給出性能報告。點擊「函數」標籤，找到你的MEX文件，點右邊的+。此時就會看到詳細的分析報告。Exclusive Percent 較大的函數就是你源代碼中需要設法優化的目標

這個方法的分析結果只能統計到函數，不能統計代碼行的調用次數和耗時。要剖析到代碼行可以用下面的方法。

方法二：利用Intel Vtune Performance Analyzer

1. 修改mexopts.bat：該文件默認位置為C:\Documents and Settings\你的用戶名\Applilcation Data\MathWorks\MATLAB\R2008a\mexopts.bat。找到並打開該文件，在文件中找到 set OPTIMFLAGS= …… 在其後添加 -Zi。
2. 用-g開關mex你的Fortran MEX源文件。如 mex -v -g source.F
3. 打開Intel Vtune Performance Analyzer(IVPA)並建立分析項目。在IVPA中選擇File-New Project，選擇Quick Performance Analysist Wizard，點擊OK。在彈出的對話框中，選中No Application To Launch。此時先不要點Go。
4. 打開MATLAB，運行程序調用你要剖析的MEX文件。運行後返回IVPA，點擊GO。
5. IVPA會對CUP中運行的所有進程進行分析，所以分析是最好少開其他程序。默認的分析時間是20秒。如果感覺時間不夠，可以在Tuning Browser中右擊項目名稱，選擇Properties，然後修改Duration值。
6. IVPA分析完成後，從Process列表中找到MATLAB雙擊。一層層的雙擊進入，直到找到你的MEX進程。雙擊進入，然後點擊右鍵，選擇View As – Horizontal Bar Chart，就可以找到最耗時的子程序。雙擊子程序的名稱，就會調查源碼。通過右邊的Clockticks和Instructions Retired列中的數字就可以查找代碼中的瓶頸所在。

方法三：利用Intel VTune Amplifier

1. 修改mexopts.bat：該文件默認位置在C:\Documents and Settings\你的用戶名\Applilcation Data\MathWorks\MATLAB\R2008a\mexopts.bat。找到並打開該文件，在文件中找到 set OPTIMFLAGS= …… 在其後添加 -Zi。
2. 用-g開關mex你的Fortran MEX源文件。如 mex -v -g source.F
3. 打開Intel VTune Amplifier 。選擇File-New-Project；Project Name欄中給project取個名字，比如叫MexProfile；Location欄是分析結果保存位置，保持默認或選一個位置；點擊下面的Create Project按鈕。
4. 在彈出的xxx – Project Properties對話框中的Target面板中，Target type選Attach to Process；然後到Windows任務管理器中查一下MATLAB的PID（如果沒有啟動MATLAB，先啟動；如果任務管理器中沒有PID，點擊查看菜單-選擇列-選中PID），輸入PID後點擊OK。
5. 點擊工具欄上的New Analysis圖吧（向右箭頭）；在MATLAB中運行包含要剖析MEX的程序；然後點擊AM中的Start開始剖析。
6. 剖析一段時間或程序結束後點擊Stop，軟件會自動分析剖析結果。 分析完成後切換到Bottom-up面板，雙擊你要查看的函數名稱，即可查看各代碼行的耗時分析結果。找到瓶頸進行優化。

純個人摸索出來的方法，可能上面的步驟並非最佳，但至少可以實現MEX程序代碼的剖析了。不足之處大家歡迎指正。誰有更好的方法也歡迎拿出來分享。