samtools詳解

Samtools是一個用於處理SAM/BAM格式文件的工具包。要想使用samtools，首先需要安裝它。在Linux環境下，可以使用以下命令安裝：

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar xvfj samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9
make
make install

安裝完成後，可以使用以下命令檢查是否安裝成功：

samtools --version

Samtools sort可以將BAM文件按照某種規則進行排序，並輸出排序後的結果。

比如，可以使用以下命令按照讀取的位置進行排序：

samtools sort input.bam -o output.bam

在排序時，為了加快速度，Samtools默認採用多線程模式。可以使用以下參數來指定線程數：

samtools sort -@ 4 input.bam -o output.bam

需要注意的是，默認情況下，Samtools sort會自動為輸出文件添加「.sort」後綴，如果不想加後綴，可以使用以下命令：

samtools sort -n input.bam -o output.bam

Samtools view可以根據用戶的要求，從BAM文件中獲取特定的reads，並輸出對應的序列信息。

比如，可以使用以下命令獲取chr1:100000-200000區域的reads信息：

samtools view input.bam chr1:100000-200000 > output.sam

需要注意的是，默認情況下，Samtools view會將BAM文件中的reads輸出為SAM格式，如果想要輸出為BAM格式，可以使用以下命令：

samtools view -b input.bam chr1:100000-200000 > output.bam

Samtools depth可以用來統計某個區域內每個鹼基的測序深度，並輸出結果。

比如，可以使用以下命令獲取chr1:100000-200000區域的深度信息：

samtools depth -r chr1:100000-200000 input.bam > output.txt

需要注意的是，Samtools depth默認情況下只會統計覆蓋度大於0的鹼基，如果同時需要統計覆蓋度為0的鹼基，可以加上-S參數：

samtools depth -r chr1:100000-200000 -S input.bam > output.txt

Samtools提供了多種命令行工具，可以用來查看BAM文件的相關信息。

比如，可以使用以下命令查看BAM文件的頭部信息：

samtools view -H input.bam

也可以使用以下命令查看BAM文件中的read數量：

samtools view -c input.bam

Samtools view和awk命令可以一起使用，方便用戶對reads進行篩選和處理。

比如，可以使用以下命令獲取chr1:100000-200000區域，且mapping quality大於30的reads信息：

samtools view input.bam chr1:100000-200000 | awk '$5>=30{print}'

也可以使用以下命令獲取chr1:100000-200000區域，且read序列長度大於50的reads信息：

samtools view input.bam chr1:100000-200000 | awk 'length($10)>=50{print}'

Samtools flagstat可以統計BAM文件中reads的標記信息，並輸出相關的統計結果。

比如，可以使用以下命令查看BAM文件中的reads數量、mapped reads數量、unique mapped reads數量等信息：

samtools flagstat input.bam

需要注意的是，Samtools flagstat默認情況下會將統計結果輸出到標準錯誤流中，如果想要將結果輸出到文件中，可以使用以下命令：

samtools flagstat input.bam > output.txt 2>&1

以上是Samtools的一些常用命令和使用方法，對於更多命令以及使用說明，可以參考Samtools官方文檔。

原創文章，作者：小藍，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-hk/n/249706.html