深入了解gff文件

一、gff文件注釋

1、gff文件注釋是指在gff文件中加入針對特定序列特徵的描述，這些描述包括基因名稱、外顯子和內含子注釋、啟動子和終止子注釋等。這些注釋信息對於基因組注釋和功能分析非常重要。

2、例如，在gff文件中，一個人類基因的注釋信息可能是這樣的：

chr1 GeneMark.hmm gene 11874 14409 . + . ID=g00001;Name=EDEN
chr1 GeneMark.hmm mRNA 11874 14409 . + . ID=g00001.t01;Parent=g00001;Name=EDEN-201
chr1 GeneMark.hmm exon 11874 12073 . + . ID=g00001.t01.e01;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm exon 12189 12289 . + . ID=g00001.t01.e02;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm exon 13222 14409 . + . ID=g00001.t01.e03;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 12286 12413 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 12574 12720 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 12868 12927 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 13068 13220 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01

二、gff文件是什麼意思？

1、gff文件全稱為「General Feature Format」，即通用特徵格式，是一種文本文件格式，用於描述生物學序列中的基因、轉錄本、外顯子、內含子以及其他的序列特徵。通常，這些特徵用於基因組注釋、基因識別、序列比對、基因功能預測等應用中。

2、gff文件常用來記錄生物序列（比如DNA或RNA）中的各種特徵，如基因的位置、轉錄本的位置、外顯子和內含子的位置、啟動子和終止子的位置、蛋白質編碼區域和非編碼區域等。除了描述特徵的位置信息之外，gff文件還可以記錄特徵的名稱、作用和參考文獻等信息，較為全面地描述了序列中所有的特徵信息。

三、gff文件怎麼打開？

1、gff文件是一種文本文件格式，可以用任何文本編輯器打開，如Windows自帶的Notepad、Notepad++、Sublime Text等編輯器。

四、基因組gff文件

1、基因組gff文件是用於描述整個基因組的gff文件，其中包含了整個基因組的注釋信息。這些信息可以用於基於基因組注釋的功能分析、序列比對以及基因富集分析等應用中。

2、例如，NCBI GenBank數據庫提供了許多種生物體的基因組gff文件，用於支持基因組研究。

3、下載地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sars-cov-2/

五、gff文件格式

1、gff文件格式是非常簡單的，每一行記錄了一個特定序列特徵的信息。gff文件一共有9列，每個字段之間用製表符（\t）分隔。這些字段分別為：

seqid - 序列唯一標識符
source - 特徵的來源
type - 特徵的類型（如gene、mRNA、exon等）
start - 特徵的起始位置
end - 特徵的終止位置
score - 特徵的得分（如表達水平、置信度等）
strand - 特徵的方向（+或-）
phase - 特徵的相位（如果沒有相位值則填寫「.」）
attributes - 特徵的其他附加屬性

2、其中，attributes字段是一個鍵值對列表，每個屬性由「屬性名=屬性值」表示，不同屬性之間用分號（;）分割。例如，「ID=g00001;Name=EDEN」表示該基因具有「g00001」和「EDEN」兩個屬性。

六、gff文件基因功能注釋

1、gff文件是進行基因注釋和功能預測的重要工具。對基因組gff文件進行注釋後，可以得到有關生物序列的詳細信息，以及關於基因、蛋白質和非編碼RNA（ncRNA）等的功能信息。

2、其中，基因注釋包括注釋基因的位置、外顯子和內含子的位置、起始和終止密碼子的位置等；而蛋白質注釋則包括氨基酸序列、結構域、功能域等信息。這些注釋信息對於研究基因功能、分子生物學和醫學等領域非常重要。

七、gff文件包含什麼數據

1、gff文件包含了生物序列的基因、轉錄本、外顯子、內含子、啟動子、終止子等序列特徵信息，並記錄了這些特徵的位置和其他屬性。

2、例如，下面是一段基因組gff文件的示例：

##gff-version 3
##sequence-region NC_045512.2 1 29903
##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2697049
NC_045512.2 RefSeq region 1 29903 . + . ID=NC_045512.2:1..29903;Dbxref=taxon:2697049;Name=SARS-CoV-2
NC_045512.2 RefSeq gene 266-21555 . + . ID=gene-ORF1ab;Name=ORF1ab;Note=Polyprotein%20gene;Dbxref=GeneID:43740578;gbkey=Gene;gene=ORF1ab
NC_045512.2 RefSeq CDS 266-13483 . + 0 ID=cds-YP_009725297.1;Parent=gene-ORF1ab;Dbxref=Genbank:YP_009725297.1,GeneID:43740578;Name=YP_009725297.1;Note=REP%20polyprotein

上面的示例展示了新冠病毒的基因組gff文件的部分內容，其中包括了序列的基本信息如版本、物種、序列範圍等，以及基因、CDS等注釋信息。

八、gff文件在哪下載？

1、gff文件可以從許多生物信息學數據庫中下載，如NCBI、ENSEMBL、UCSC等。

2、例如，NCBI提供了大量生物體的gff文件下載服務，可以在其網站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）中搜索並下載感興趣的gff文件。

九、gff文件用什麼打開？

1、gff文件是文本文件格式，可以用任何文本編輯器打開，比如Windows自帶的Notepad、Notepad++、Sublime Text等編輯器。

2、同時，也可以使用一些專門的生物信息學工具處理gff文件，如BEDTools、GFFTools、IGV等。這些軟件能夠幫助用戶高效地處理、分析和可視化gff文件中的信息。