cytoscape安裝教程詳解

在生物信息學和計算機科學領域常常需要進行網絡分析和可視化，cytoscape是一款開源的網絡分析和可視化工具，它提供了強大的數據批量處理功能、複雜網絡數據可視化、網絡分析等功能，是研究網絡生物學的利器。以下是cytoscape安裝教程的詳解。

一、下載與安裝

cytoscape最新版本下載地址為https://cytoscape.org/download.html，其中有三個平台的安裝文件：Windows、Mac、Linux。下面以Windows系統為例進行演示。

1、下載cytoscape安裝文件

<p>首先，打開cytoscape官方下載鏈接https://cytoscape.org/download.html，進入Download中Windows界面。</p>

在此處我們選擇cytoscape-3.9.0-windows.exe下載，cytoscape-版本號-windows.exe是為Windows電腦準備的安裝程序。文件名的版本號可能有所不同，下載選項取決於當前最新版本。

2、雙擊安裝文件

<p>雙擊cytoscape-3.9.0-windows.exe安裝包進行安裝。安裝過程中，用戶需要確認插件的安裝方式，是否把cytoscape作為默認工具進行網絡文件的打開，通常使用默認選項即可。</p>

3、運行cytoscape

<p>cytoscape軟件安裝完成後，可以在開始菜單中找到cytoscape快捷方式並單擊運行，在Windows 10中它可能出現在開始菜單的「常用」選項中。</p>

二、插件安裝

1、選擇插件文檔

<p>在cytoscape界面中有一個「apps」分類，我們可以在其中管理和安裝插件。</p>

2、篩選分類和查找插件

<p>可以使用搜索框並輸入要下載的插件名稱進行搜索，搜索結果顯示在窗口下方，如圖所示。</p>

3、安裝插件

<p>選擇想要安裝的插件，然後單擊「install」按鈕，插件將被下載和安裝。</p>

三、導入數據

1、Jupyter Notebook

<p>您可以通過使用官方提供的python庫cyjupyter和py2cytoscape插件將Jupyter Notebook文件導入cytoscape。以下是安裝方法：</p>

# 安裝cyjupyter
!pip install cyjupyter
# 安裝py2cytoscape
!pip install py2cytoscape

2、文本文件導入

<p>cytoscape支持導入各種文件格式，如edge list文件、adjacency matrix文件等。以下是事例代碼：</p>

# 導入edge list文件
from py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient
cy = CyRestClient()
file_location = 'edge_list.txt'
file_format = 'edge_list'
collection_name = 'My Edge List Collection'
cy.networks.create_from(file_location, file_format, collection_name)

四、數據可視化與分析

1、網絡展示布局

<p>cytoscape提供了多種布局模式，如圓形、自然、無向樹等，通過分佈網絡節點在cytoscape中的位置，可使網絡具有更好的可視化效果。可以通過以下代碼應用「高斯布局」：</p>

# 在當前網絡應用布局
current_network = cy.network.get_current()
current_network.layout.apply(name='degree-circle') 

2、節點標籤

<p>標記節點是cytoscape中的一個常見操作，節點標籤可以是節點的名稱、ID，也可以是節點某些屬性的數值。可以通過以下代碼添加節點標籤：</p>

# 添加節點標籤
node_suid = cy.network.get_node_suid(network=current_network, node_name='node_name')
cy.network.set_node_property(node_suid, 'label', 'node_name')

3、網絡查找

<p>cytoscape支持全局和局部網絡搜索，用戶可以根據自己的需求搜索網絡中的節點和邊緣。以下是使用搜索框搜索節點名為「CDKN1A」的例子：</p>

五、總結

本文詳細介紹了cytoscape的安裝步驟，插件安裝、數據導入和網絡可視化與分析。自此，您已經可以使用cytoscape進行基本的網絡分析和可視化。不過，cytoscape功能強大，您可以通過進一步的學習和實踐深入了解其更多細節。