一、HMMER安裝教程
1、下載HMMER壓縮包
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
2、解壓HMMER壓縮包
tar xzf hmmer.tar.gz cd hmmer-3.3.2/
3、配置，編譯和安裝HMMER
./configure && make && make check && sudo make install
二、HMMER怎麼安裝
在安裝HMMER之前，請確保已經正確安裝好了gcc和g++編譯環境，並且安裝了zlib庫。否則，將無法編譯HMMER。
三、安裝hmscore
1、下載並解壓縮hmscore壓縮包
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hmmer/releases/HMIS2/hmscore-3.0.tar.gz tar xzf hmscore-3.0.tar.gz cd hmscore-3.0/
2、安裝pcre2庫
sudo apt-get install libpcre2-dev
3、配置，編譯和安裝hmscore
./configure && make && sudo make install
四、HMMER和hmscore的使用示例
1、在命令終端中檢查HMMER是否正確安裝
hmmscan -h
2、在命令終端中檢查hmscore是否正確安裝
hmscore -h
3、使用HMMER和hmscore進行蛋白質序列分析
以分析真核生物序列為例：
a. 下載Pfam數據庫
wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam32.0/Pfam-A.hmm.gz gunzip Pfam-A.hmm.gz
b. 使用HMMER掃描蛋白質序列
hmmscan --cpu 4 Pfam-A.hmm protein.fasta > protein.out
c. 使用hmscore計算蛋白質結構模型的準確度
hmscore protein.pdb protein.out
原創文章，作者：小藍，如若轉載，請註明出處：https://www.506064.com/zh-hk/n/193756.html
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