Reactome: 生物大分子互作網絡知識庫

Reactome是一個開源、維護和協作的項目,旨在幫助生命科學領域的研究人員理解生物過程的基本原理和互動關係。Reactome適用於生物醫學工作者、計算機科學家、生物信息專家和生物裁判員,以及對生物學感興趣的各種各樣的訪問者。

一、Reactome的功能

Reactome具有以下主要功能:

1、提供了完全透明和開放的文獻背景和參考。

2、描述了信號傳導、代謝、基因調控和細胞過程產生的大分子互作關係。

3、統一了人和其他模型生物的生物過程。

4、包括細胞器和細胞類型特異性的知識。

5、提供了發現拓撲、調控分析和生物數據挖掘的途徑。

Reactome項目旨在涵蓋所有細胞過程,同時為所有生物學水平提供適用的知識平台。Reactome不僅覆蓋人類基因和蛋白質,還包括其他組織和模型生物。

二、Reactome的架構

Reactome的架構包含六個主要部分:

1、數據存儲層:Reactome數據以關係型數據庫的形式存儲在MySQL數據庫中。

2、模型層:Reactome數據模型採用自底向上的方法,科學家從生物知識中推斷出模型,而不是從出版物中抄襲事件。

3、前端:Reactome網絡的用戶界面支持互動建模、環路查找和各種查詢。

4、API:Reactome API基於Web服務架構,為開發人員提供數據查詢服務。

5、數據質量控制:Reactome採用穩定性、準確性和全面性標準來維護數據的質量。

6、社區:Reactome是一個開放性合作平台,為生命科學研究人員、生物信息學家和計算機科學家提供了一個研究平台。

三、Reactome的應用

Reactome作為一個涵蓋多層次生物過程的知識庫,可以被應用於許多生物學研究領域,例如:

1、組學研究:Reactome可以用於高通量數據的分析和可視化。

2、代謝組學:Reactome提供了處於代謝通路中的代謝物和酶的詳細描述和完整的視圖。

3、蛋白質組學:Reactome覆蓋了幾乎所有已知的蛋白質互作關係,從而為大規模蛋白質交互研究提供了數據基礎。

4、分子模擬研究:Reactome中的分子結構數據和相關分析工具可用於模擬和預測各種生物大分子的相互作用和組裝。

** 以下為代碼部分-使用React渲染的示例代碼:**

“`jsx
import React, { Component } from ‘react’;
import ‘./App.css’;

class App extends Component {
constructor(props) {
super(props)
this.state = {
title: ‘Reactome生物大分子互作網絡知識庫’,
description: ‘Reactome是生物學家、數據分析員和開發人員的一站式平台,用於了解生物過程的複雜性,以及確定基因組、蛋白質組和代謝組中細胞過程的功能。’,
features: [
{
title: ‘全面的生物過程描述’,
description: ‘Reactome覆蓋了大部分已知的生物過程,並將它們轉換為計算機可讀格式。’,
imgUrl: ‘https://reactome.org/Content/images/top/Reaction-Networks-Pathways.png’
},
{
title: ‘高互動性’,
description: ‘Reactome的用戶界面具有高度互動性,以便進行進一步的分析和研究。’,
imgUrl: ‘https://reactome.org/Content/images/top/Interactors-New.png’
},
{
title: ‘多層次數據查詢’,
description: ‘可以按照不同的層次查詢Reactome的數據,從基礎的基因到更高級別的代謝網絡。’,
imgUrl: ‘https://reactome.org/Content/images/top/search-replaced.png’
}
]
}
}

render() {
const { title, description, features } = this.state

return (

{title}

{description}


{features.map((feature, index) => (

{feature.title}

{feature.description}

原創文章,作者:小藍,如若轉載,請註明出處:https://www.506064.com/zh-hk/n/150319.html

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