PubChem詳解及使用方法

一、 pubchem怎麼讀

PubChem是一個面向公眾的免費化合物數據庫，為科學家、醫生、工程師等研究人員提供了一個極好的平台。如果您想了解PubChem數據庫，可以通過以下幾種方式：

1、訪問官網：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/，並閱讀網站提供的幫助文檔和教程。

2、閱讀相關論文或書籍，例如：《PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules》。

3、參加一些科研或開發團隊的培訓課程，例如：Mol2Vec&PubChem Workshop。

二、 pubchem上面的構象就是正確構象嗎

PubChem上顯示的構象，一般是最穩定的構象。但並不意味着這是唯一正確的構象。因此，在進行研究或開發時，需要結合實驗數據和其他計算結果，對構象進行進一步確認。

三、 pubchem數據庫使用方法

PubChem數據庫可以根據多種條件進行檢索，如化合物名稱、式量、CAS號等，同時也提供了各種工具和服務，如三維軟件、下載和web服務，幫助用戶在研究或開發中更好地利用其提供的數據和信息。

四、 pubchem怎麼用

PubChem提供了幾種數據獲取和下載方式，包括PubChem Substance ID，PubChem Compound ID等。用戶可以選擇最適合自己的方式來獲取和下載數據。

五、 chemicalbook

Chemical Book是一家提供化學品報價、化學品參數、化學品若干費士標準、MSDS等相關信息的專業化學品網站。與PubChem類似，Chemical Book為用戶提供了豐富的化學信息和工具，在研究和開發中有很多的使用價值。

六、 pubmed官網入口

Pubmed是一款由美國國立衛生研究院（NIH）所提供的、免費的醫學文獻數據庫。Pubmed收錄了來自世界各地的超過3000個醫學期刊、約220萬篇論文。因此，對於那些需要獲取醫學文獻並進行研究和應用的科研人員非常有用。

七、 pubChem數據庫如何看mol

def show_mol(mol_id):
    """使用rdkit庫展示分子圖片"""
    import requests
    from rdkit import Chem
    from IPython.display import display, Image
    from io import BytesIO

    url = f"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/{mol_id}/record/SDF/?record_type=3d&response_type=display"
    response = requests.get(url)
    if response.status_code == 200:
        mol = Chem.SDMolSupplier(BytesIO(response.content))
        mol = next(mol)  # 獲取第一個構象
        if mol:
            image = Chem.Draw.MolToImage(mol)
            display(Image(image))
        else:
            print("mol為空，請檢查mol_id的正確性")
    else:
        print(f"請求錯誤，錯誤代碼{response.status_code}")

上述代碼通過請求PubChem Rest API獲取一個3D mol文件，並使用rdkit庫展示分子圖片。在輸入mol_id並調用該函數後，即可直接在Notebook中展示分子圖片。

八、 pubchem怎麼下載3d化合物

def download_conformer(mol_id):
    """下載PubChem 3D結構"""
    import requests

    url = f"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/{mol_id}/record/SDF/?record_type=3d&response_type=save&response_basename=structure3D_CID_{mol_id}"
    response = requests.get(url)
    if response.status_code == 200:
        with open(f"{mol_id}.sdf", "wb") as f:
            f.write(response.content)
            print(f"分子{mol_id}的3D結構已成功下載！")
    else:
        print(f"下載失敗，錯誤代碼{response.status_code}")

上述代碼通過請求PubChem Rest API獲取一個3D mol文件，並將其下載到本地，最終以mol_id作為文件名保存到當前目錄下。在輸入mol_id並調用該函數後，即可將PubChem中的3D結構下載到本地。