深入了解.h5文件

一、h5文件怎麼打開

要打開.h5文件，我們需要安裝HDF5的庫。HDF5是一個由美國國家超級計算應用中心（NCSA）開發的一系列軟件的名稱。 它是一個用於處理和存儲科學數據的通用文件格式規範，可以在其中存儲各種類型的數據和元數據。查看文件需要h5py python庫。h5py不需要每個平台的32位與64位版本。

import h5py

filename = 'example.h5'
with h5py.File(filename, 'r') as f:
    
    # 打印文件的鍵，相當於文件夾名稱
    print("Keys: %s" % f.keys())
    a_group_key = list(f.keys())[0]

    # 查看鍵下的group（相當於文件夾），在group對象的名字下打印出原始數組
    group = f[a_group_key]
    print(group.name)
    print(list(group.keys()))
    print(group['dataset_name'])
    print(group['dataset_name'][:])

二、h5網頁設計軟件

h5文件可以使用 不需要編碼即可創建網頁的工具（例如Adobe Muse、Froala Pages、Blocs等）來設計。這些工具提供設計和布局選項，因此您不必編寫代碼，即可創建具有基本交互性和美觀外觀的Web頁面。

三、h5文件格式

h5文件格式是指h5py python庫使用的一種數據存儲格式。
h5py是一個可用於讀寫HDF5文件格式的Python庫。h5py始終將HDF5的動力和靈活性帶到Python中。 HDF5文件只是結構化二進制文件，H5、H5F、H5P、H5T、H5D、H5A和H5G是在所有h5py程序中使用的主要庫。您無需安裝整個HDF5庫即可使用h5py。

四、h5文件用什麼軟件打開

除了使用HDF5的庫和h5py python庫來打開h5文件之外，您還可以將其他各種軟件與h5文件一起使用。例如，MATLAB、IDL、Python、R、Julia、Fortran、LabVIEW、C ++和Java等。只要這些軟件中存在HDF5庫，通常就可以輕鬆地打開和讀取h5文件。

五、h5文件太大

當h5文件太大無法讀取時，我們可以通過以下方式來處理：

1.使用h5py python庫來對數據進行分組。經常有數據的一個維數僅僅由於編碼問題而變得太大，過大的數據集也許可以被分為幾個更小的數據集.

2.使用瀏覽器插件或下載h5dump可執行文件來瀏覽.h5文件。 實際上，HDFView是一種用於查看和編輯HDF格式數據的開放源代碼可視化工具。

3.使用 Pandas python庫將h5文件讀回到pandas數據幀中，然後使用Pandas的groupby功能以適合內存的方式分組。 此技術特別適用於表格數據集。

六、h5文件如何導出

導出h5文件需要使用h5py python庫。

import h5py

def hdf5_save_dict(filename, dictionary):
    with h5py.File(filename, 'w') as h5file:
        _hdf5_save_dict_recursive(h5file, '/', dictionary)

def _hdf5_save_dict_recursive(h5file, path, dictionary):
    for key in dictionary.keys():
        this_path = path + str(key)
        
        if isinstance(dictionary[key], dict):
            _hdf5_save_dict_recursive(h5file, this_path + '/', dictionary[key])
        else:
            h5file.create_dataset(this_path, data=dictionary[key])

七、h5文件用什麼打開

從技術上講，我們使用許多不同的工具來打開.h5文件; 但是，在Python中，我們通常使用h5py python庫。 h5py是一個簡單的，易於使用的庫，它使您可以以Pythonic方式編寫HDF5文件，並可讓您:

• 以Pythonic方式編寫HDF5文件

• 讀取HDF5文件

• 寫入HDF5文件

八、h5文件是什麼意思

h5文件的全稱是HDF5文件。 HDF5是可擴展的一種數據格式，可以在其中存儲許多類型的數據和元數據。 HDF5是許多科學計算的事實標準，可用於高性能計算（HPC）集群，雲計算和台式機。 h5py python庫是在Python中對HDF5數據進行讀寫的接口。

九、h5文件python打開

使用h5py python庫可以在Python中打開.h5文件。H5Py是用於處理HDF5文件的Python接口。它產生熟悉的Numpy數組樣式的格式，類似於本機Python數據類型。H5Py還利用HDF5立即透明壓縮模式直接支持協同縮放架構。

import h5py

f = h5py.File('example.h5', 'r')
data = f['my_dataset']

print data[0:10,:] # 輸出前10行

十、h5ad文件

h5ad是Seurat軟件的用於保存單細胞RNA測序數據的文件格式。它基於H5文件格式和AnnData格式，並存儲大量細胞-基因計數矩陣數據，包括各種注釋和元數據信息。H5AD可以使用h5py或AnnData python庫進行讀寫