Biodbnet——多維度生物信息查詢平台

Biodbnet（http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php）是美國國家癌症研究所（NCI）提供的生物信息查詢平台，以生物數據庫之間的互聯為基礎，可以方便地查詢、匹配、轉換和整合生物學信息。

一、基本介紹

Biodbnet基於web，以分布式、可重用、可維護的Web服務組建即時查詢系統。這個數據庫整合了許多的Nucleic acids/Protein databases、Pathways and interactions databases、Disease databases、Drug databases等；並且這些各自獨立的數據庫的數據，整個的數據就可以互通了。

這意味着，Biodbnet不單單是一個數據庫，它連接了數百個其他的生物數據庫，使各種生物信息在不同的數據庫間分享，不同的信息和數據也可以相互轉化，方便了科學家查詢和利用生物信息數據。

目前，Biodbnet共提供了豐富的數據庫連接，包括：ENSEMBL，NCBI，UCSC，MirBase，miR2Disease，hmdd，THe Human Protein Atlas，DrugBank，PathwayCommons，成百上千支撐數據門戶等。

二、數據檢索

Biodbnet的一個獨特之處在於，它不僅僅是單一數據庫，而是一系列數據庫的整合。在Biodbnet, 您可以選擇最多五個數據庫進行基本查詢，您可以進一步指定商標（IDs）用於精確的匹配，您還可以在選定的ID之間進行轉換和匹配。

要開始查詢，您可以開始選擇數據庫。對於此列表的每個數據庫，可以選擇指定單個ID，一組ID，以及可以允許使用通配符的模式匹配。下面是一個簡單的例子，以說明如何在Biodbnet中查詢：

http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

如上所述，您可以指定五個數據庫，並指定將要查詢的數據賴。下面是查詢菜單選項:

1. Click on “Add or Remove Database Selections” to specify the databases you want to use for your query. There are 24 organisms and over 20 databases to choose from!
2. Enter with your input list in the Input section. If you have any saved lists, you can select them from the drop-down menu.
3. In the Advanced Options section, you can select the options you want to be applied to your query. In many cases, these options allow you to preserve only the information you want from the queried databases.
4. Click on the “Submit” button to process your query. 

三、數據輸入和輸出格式

在Biodbnet中，您可以輸入和輸出各種格式數據並選擇預先定義的格式。支持的輸入和輸出格式包括:

Input formats:
      1. NCBI Gene ID
      2. NCBI Refseq ID
      3. NCBI GI number
      4. Ensembl Gene ID
      5. Ensembl Transcript ID
      6. Ensembl Protein ID
      7. Entrez Gene ID
      8. HUGO gene symbol
      9. UniProt accession number
Output formats: 
      1. NCBI Gene ID 
      2. Ensembl Gene ID 
      3. Entrez Gene ID 
      4. RefSeq Transcript ID
      5. RefSeq Protein ID 
      6. HUGO gene symbol 
      7. UniSA number 
      8. UniGene ID 
      9. KEGG Pathway 
      10. Gene Ontology ID 
      11. MEDLINE/PubMed ID 
      12. UniProt ID 
      13. EMBL/GenBank ID 
      14. miRBase ID 
      15. hmdd ID 
      16. PathwayCommons ID 
      17. SMILES 
      18. PubChem Compound ID 
      19. DrugBank ID

四、示例代碼

以下是最基本的查詢，並採用了模式匹配，將NCBI Gene ID轉換為Ensembl Gene ID：

http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/ db /db2db.php?input=1017&from=ncbigene&to=ensemblgene&format=row&base=geneproto&species=Hsapiens&genomever=hg38

下面是一個更複雜的示例，它將NCBI Refseq ID轉換為NCBI Gene ID，並將它們映射到KEGG 人類信號通路（hsa），並輸出HUGO Gene Symbol：

http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php?input=NM_002046&from=refseqn&to=ncbigene&output=hugo&base=geneproto&targetpathview=hsa&format=row

通過這篇文章的討論，您應該對Biodbnet的使用方式和功能有了一個比較深入的了解。有了這個數據庫，我們可以在各種數據庫之間進行轉換和共享，並找到我們需要的生物信息。相信在未來的科學研究工作中，它將成為一個非常有用的工具。