生信軟件安裝之python,生信軟件 視頻

本文目錄一覽：

• 1、生信菜狗，各種軟件升級後前一版的包怎麼裝回來？
• 2、Miniconda使用體驗
• 3、生信常見腳本的命令行傳參方式–python,R,Perl,Shell
• 4、Perl，R，Python在生物信息學中是怎樣的角色？
• 5、【Linux】生物信息軟件安裝過程
• 6、生信軟件BUSCO安裝

生信菜狗，各種軟件升級後前一版的包怎麼裝回來？

可以先把現有的都卸載了

然後重裝miniconda，因為科學計算的包一般都選conda的比較好，

然後就是不知道你是否熟悉虛擬環境，為了避免每次把你的環境搞亂，創建虛擬環境是最保險的

使用類似這樣的命令

conda create -n vname

conda activate vname

Miniconda使用體驗

生信入門的第一步就是要學會安裝軟件，但有些軟件的安裝和編譯比較麻煩，這個時候就會懷念windows系統的方便。

根據生信技能樹和菜鳥團里的介紹，linux系統也有這種自動式的安裝軟件的方式，因此，開始體驗使用conda來安裝軟件。

安裝簡單，只需要在服務器上運行即可

此時會在home目錄下生成miniconda3的文件夾，並更新下環境變量。

註：如果安裝後不想在終端前顯示（base）

conda install fastqc(軟件名)

which fastqc 查看軟件安裝位置

conda list 可以查看已安裝軟件列表，conda默認安裝軟件的最新版本，如果想安裝指定版本的某個軟件，可以先用“conda search 軟件名”搜索軟件版本。

星號標記的表示是已經安裝的版本。要 安裝其他版本 ，輸入：

conda install 軟件名=版本號

這時conda會先卸載已安裝版本，然後重新安裝指定版本。

如果想要安裝列表中的軟件，可進入該軟件的conda主頁，比如cutadapt[ ]

裡面會告訴應該使用什麼命令~

安裝完後的軟件在miniconda2文件夾裡面的pkgs文件夾下面。

conda config –add channels

查看已經添加的channels

conda config –get channels

conda config –remove channels

conda update conda

conda remove 軟件名

source activate 軟件名 #把目錄添加進環境變量

source deactivate #從環境變量裡面 刪去

conda info -e

例子：

安裝snakemake，snakemake已經整理成Python包，可以直接使用 pip 進行安裝，不過需要的Python3的環境，利用 conda 進行安裝：

試試 snakemake -h 看看安裝成功沒有？

但是可能網絡會不太好，可能需要多幾次進行安裝。

參考：

用Miniconda，Bioconda來安裝常見的生物信息學軟件 | 生信菜鳥團 [ ] ；

。

生信常見腳本的命令行傳參方式–python,R,Perl,Shell

getopt

python 也可以使用getopt文件傳參

getopt 是很多語言都有的傳參函數，不過平時在寫Rscript的時候經常用到。

一般而言：

Perl，R，Python在生物信息學中是怎樣的角色？

應該說Python/Perl是相互替代的腳本語言，但個人推薦用Python, 雖然很多老的生物信息軟件是用Perl,Python學習曲線好，功能也更強大，是發展趨勢。這兩個語言主要是做數據預處理、文本處理和格式轉換、對算法效率要求不高的分析軟件開發，系統管理和pipeline搭建等工作。R語言主要的優勢是大量的統計包的支持，數據統計分析中非常常用。Python和R有良好的接口。關於繪圖很多人用R,其實Python的Matplotlib的繪圖效果比它漂亮很多，也更強大。對pipeline的搭建shell編程更適合，是一個不可缺少的技能。與數據庫相關的工作需要用到SQL， Linux : 操作系統，是基礎。 生物信息對Linux的要求其實並不高，並不是要做系統開發者或管理員，只需要會用就行。複製粘貼、處理數據、安裝軟件等。生物信息軟件：標準數據分析。 生物信息學的數據格式已經基本標準化，大部分工作可以直接用軟件完成。Perl和Python：處理個性化問題、軟件之間的對接。 這兩門語言至少應該熟練掌握一門自己寫程序用，另外一門要能看得懂。 寫點小腳本感覺差別不大，但是perl寫大程序不合適。 很多人認為python是趨勢，但至少截止目前更多生信軟件是用perl寫的。 所以，如果剛開始學，建議主打python, 看懂perl。R ：數據處理、統計、繪圖、數據分析。 R語言的數據結構跟其他語言差異較大、而且總感覺語法比較散，不好記。但是R的軟件包卻異常強大。數據處理的reshape2, dplyr；繪圖的ggplot2；還有Bioconductor里的幾千個包。不得不會。

【Linux】生物信息軟件安裝過程

小炒：搜索 “conda cheatsheet”

好處：

添加channel

channel是有順序的，一般保持bioconda在第一個，conda-forge在第二個。-defaults放最後。

創建軟鏈接 ,相當於在桌面創建了快捷方式： ln -s

例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin

搜索生信軟件

-availiable packages

Tips

二進制版本

以 ncbi-blast ,’sra-toolkit’,’hisat2’為例

預編譯版本

以 zlib 為例，samtools依賴的軟件。

tree 的安裝只需後兩步，且最後一步的時候要做修改，記得去看 Read me 。

三部曲解讀：

如果沒有root權限要解決軟件依賴的問題：

修改makefile的變量名

python包軟件管理工具

conda 安裝deeptools

deeptools在python2下表現更好。

鏈接：

1.

2.

舉兩個例子：

參考：

bilibili：zhougengxu

生信軟件BUSCO安裝

現在得到一個文昌魚組裝基因組。我希望看看它的質量如何，也就是找組裝基因組是否包含許多完整基因、以及N50序列是否達標等問題。

我看到網上教程都是自己去搞配置，設置環境變量，但是conda安裝難道不香嗎？BUSCO官網也給出了conda安裝的方法：(最好是重新創造個python=3.8的conda環境）

conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3 

安裝好之後，輸入busco

emm這是“biopython”出了問題了啊。然後我到上面提到的那個網址搜了一下，發現果然是conda安裝的有問題。

這時，只要把biopython從1.78降到1.77就可以了

命令：conda install -y -c conda-forge  biopython=1.77    就可以覆蓋安裝了，而且神奇的是安裝完就可以使用了，輸入 busco -h 不會報錯。

註：本來想用cegma那個軟件，但好像六年前就停止運營了……（bilibili上看的教學視頻太久遠了）

如果你也遇到了同樣的問題，應該會有幫助，不過過一段時間應該就修復這個bug了。

2020 09 15 補充：

這樣即使安裝上了，也不能使用，會報錯。博主又嘗試了安裝busco 4.0.2的版本，和augustus 3.3.3 版本，發現可以使用。（還是需要biopython = 1.77）

注意這個軟件只是看測序質量怎麼樣，雖然調用了augustus，但是它生成的文件比較亂，想要做從頭基因注釋，還是再用一次augustus吧！