SRA数据库简介

QQTUC • 2025-01-24 18:47 • 编程

一、什么是SRA数据库

SRA（Sequence Read Archive）数据库是全球最大的高通量测序数据存储库之一，隶属于美国国家生物技术信息中心（NCBI），旨在为科学家们提供大规模测序数据存储、检索、共享和分析的服务。SRA数据库包含了来自不同组织和实验室的几乎所有已公开发布的高通量测序原始数据，无论是针对基因组、转录组、甲基化、蛋白质组还是宏基因组分析等方面的研究都可以在其中得到支持，为生物医学领域的研究提供了丰富的数据资源。

二、如何使用SRA数据库

使用SRA数据库可以分为上传数据和下载数据两个部分。如果想将自己的高通量测序数据上传到SRA数据库，需要按照制定的规则进行格式化和提交，不过这个过程比较繁琐，需要申请者具备一定的生物信息学技能。而对于下载即有现成的检索和下载工具可供使用，下面分别介绍。

三、SRA数据库的检索

SRA数据库的检索可以采用NCBI提供的网页界面、NCBI Entrez Direct命令行检索工具以及SRA Toolkit命令行工具进行。以网页检索为例，步骤如下：

from Bio import Entrez
import pandas as pd
query = "PRJNA257197"
handle = Entrez.esearch(db = "sra",
                        term = query,
                        retmax = 100)
record = Entrez.read(handle)
sra_id_list = record["IdList"]
handle.close()
print(sra_id_list)

使用关键字PRJNA257197（大肠杆菌10407引物PCR和测序）进行检索，结果共找到14个项目。其中，每个项目会对应多个样品，每个样品会对应多个文库，每个文库会对应多个runs，因此，需要从多个维度对其进行检索。常用的检索策略包括关键词搜索、作者机构搜索、基序搜索和序列相似性搜索等。

四、SRA数据库的下载

SRA数据库的下载需要使用SRA Toolkit命令行工具，具体操作步骤如下：

import subprocess
srr_id = "SRR000001"
output_dir = "/path/to/output/dir"
subprocess.call(f"fastq-dump -I --split-files --gzip -O {output_dir} {srr_id}", shell=True)

以上命令将会把SRR000001这个run的原始数据下载到指定路径output_dir下，并按照sample_1.fastq.gz和sample_2.fastq.gz的格式进行存储，可以方便地进行后续的序列质量控制、比对、组装和分析等操作。值得注意的是，下载SRA数据需要先安装好SRA Toolkit，并且需要根据运行环境来选择相应的下载命令。

五、SRA数据库的应用

随着高通量测序技术的快速发展，SRA数据库已经成为生物医学领域不可或缺的数据资源。从基础科学研究到应用开发，无论是病理生物学、基因组学、转录组学、生物信息学还是药物研发等方面的研究都可以从中受益。例如，在疾病发病机制研究方面，研究人员可以通过比较SRA数据库中正常和患病样本的基因表达谱差异来筛选关键基因和靶点，为新药开发提供依据；在新药评价方面，研究人员可以对SRA数据进行机器学习和数据挖掘分析，预测新药作用机制和不良反应，并进行精准用药。

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