SDF格式详解

JUUNU • 2025-01-16 15:46 • 编程

SDF格式是由MDLInformation Systems公司开发的分子结构库文件格式，即Structure Data File，它是一种通用的MOL文件格式的拓展版。SDF文件格式是一种二进制或ASCII格式的化学文件格式，用于存储和交换化学信息。一个SDF文件可以包含多个分子，每个分子由一个或多个SDF块组成。

一、SDF格式的基本概念

SDF文件格式通常包含分子的信息，包括名称，分子式，分子量，分子结构等。在SDF格式中，大多数关键字用于存储原子和它们的属性。常规的SDF文件包含多个Structured Data Record (SD Record)，每个SD Record是由多行组成的记录，以空行开始和结束，每一行限制为80个字符以内。通常，SDF文件中各行的具体含义由头文件(Delimiter Line)指定。一个典型的SDF格式的头文件为：

   >  mol_name              (A molecule name)

   XCOS       (For internal use only: ChemDraw)

   mrv_supplementary

          Name=SDFV1.1

          Type=Macintosh        (For internal use only: ChemDraw)

          Date=20210415

          Time=163653

   >  mol_type              (Type of the molecule)

   MOL

   >  molecule              (Internal chemical structure)

其中，头文件中以“>”符号开头的是关键字，括号后面是关键字描述。其中mol_name、mol_type和molecule是SDF 文件的三个必须关键字段。mol_name指定这个分子的名称，mol_type指定这个分子的类型，通常是”MOL”以表示分子。molecule则记录分子的具体结构信息。

二、SDF格式的转换问题

1、SDF格式转mol2

如果需要将SDF格式文件转换为mol2格式，可以使用Open Babel进行转换。用法如下：

    obabel -i sdf file.sdf -o mol2 -O file.mol2

2、如何将文件存为SDF格式

在许多化学软件中，选择“存储”的菜单栏，选择SDF文件格式进行保存即可。

3、SDF格式的打开方式

SDF格式一般可以用常见的化学软件打开，如ChemDraw、Accelrys Discovery Studio等。

4、SDF文件用ppt能打开吗

SDF文件无法直接在PPT中打开，需要使用插件或工具进行转换。

三、SDF格式的相关问题

1、SD格式转换

SD格式文件可以通过Open Babel工具进行转换，最常见的是转换为SDF格式。用法如下：

    obabel input.sdf -o sd -O output.sd

2、SDF格式化学

SDF格式化学是指通过SDF文件存储、交换和处理关于分子结构信息的化学数据。SDF格式是一种标准的化学文件格式，被广泛应用于化学计量学和分子信息学领域。

3、SD格式标准

SD格式是一种数据交换格式，用于表示关于化合物或组分的结构信息。SD格式的标准由国际标准化组织（ISO）发布，被广泛应用于化学信息管理界和化学信息系统领域。

4、SDF格式文件用什么打开

SDF文件可以使用常见的化学软件打开，如ChemDraw、Accelrys Discovery Studio等。

5、SDF格式是3d结构吗

SDF格式可以存储分子的三维结构信息，但是也可以只包含二维平面结构。在SDF文件中，关键字”M END”前是该分子的结构信息，可以是二维平面结构数据或三维结构数据。

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