深入了解.h5文件

一、h5文件怎么打开

要打开.h5文件，我们需要安装HDF5的库。HDF5是一个由美国国家超级计算应用中心（NCSA）开发的一系列软件的名称。它是一个用于处理和存储科学数据的通用文件格式规范，可以在其中存储各种类型的数据和元数据。查看文件需要h5py python库。h5py不需要每个平台的32位与64位版本。


import h5py

filename = 'example.h5'
with h5py.File(filename, 'r') as f:
    
    # 打印文件的键，相当于文件夹名称
    print("Keys: %s" % f.keys())
    a_group_key = list(f.keys())[0]

    # 查看键下的group（相当于文件夹），在group对象的名字下打印出原始数组
    group = f[a_group_key]
    print(group.name)
    print(list(group.keys()))
    print(group['dataset_name'])
    print(group['dataset_name'][:])

二、h5网页设计软件

h5文件可以使用不需要编码即可创建网页的工具（例如Adobe Muse、Froala Pages、Blocs等）来设计。这些工具提供设计和布局选项，因此您不必编写代码，即可创建具有基本交互性和美观外观的Web页面。

三、h5文件格式

h5文件格式是指h5py python库使用的一种数据存储格式。
h5py是一个可用于读写HDF5文件格式的Python库。h5py始终将HDF5的动力和灵活性带到Python中。 HDF5文件只是结构化二进制文件，H5、H5F、H5P、H5T、H5D、H5A和H5G是在所有h5py程序中使用的主要库。您无需安装整个HDF5库即可使用h5py。

四、h5文件用什么软件打开

除了使用HDF5的库和h5py python库来打开h5文件之外，您还可以将其他各种软件与h5文件一起使用。例如，MATLAB、IDL、Python、R、Julia、Fortran、LabVIEW、C ++和Java等。只要这些软件中存在HDF5库，通常就可以轻松地打开和读取h5文件。

五、h5文件太大

当h5文件太大无法读取时，我们可以通过以下方式来处理：

1.使用h5py python库来对数据进行分组。经常有数据的一个维数仅仅由于编码问题而变得太大，过大的数据集也许可以被分为几个更小的数据集.

2.使用浏览器插件或下载h5dump可执行文件来浏览.h5文件。实际上，HDFView是一种用于查看和编辑HDF格式数据的开放源代码可视化工具。

3.使用 Pandas python库将h5文件读回到pandas数据帧中，然后使用Pandas的groupby功能以适合内存的方式分组。此技术特别适用于表格数据集。

六、h5文件如何导出

导出h5文件需要使用h5py python库。


import h5py

def hdf5_save_dict(filename, dictionary):
    with h5py.File(filename, 'w') as h5file:
        _hdf5_save_dict_recursive(h5file, '/', dictionary)

def _hdf5_save_dict_recursive(h5file, path, dictionary):
    for key in dictionary.keys():
        this_path = path + str(key)
        
        if isinstance(dictionary[key], dict):
            _hdf5_save_dict_recursive(h5file, this_path + '/', dictionary[key])
        else:
            h5file.create_dataset(this_path, data=dictionary[key])

七、h5文件用什么打开

从技术上讲，我们使用许多不同的工具来打开.h5文件; 但是，在Python中，我们通常使用h5py python库。 h5py是一个简单的，易于使用的库，它使您可以以Pythonic方式编写HDF5文件，并可让您:

• 以Pythonic方式编写HDF5文件

• 读取HDF5文件

• 写入HDF5文件

八、h5文件是什么意思

h5文件的全称是HDF5文件。 HDF5是可扩展的一种数据格式，可以在其中存储许多类型的数据和元数据。 HDF5是许多科学计算的事实标准，可用于高性能计算（HPC）集群，云计算和台式机。 h5py python库是在Python中对HDF5数据进行读写的接口。

九、h5文件python打开

使用h5py python库可以在Python中打开.h5文件。H5Py是用于处理HDF5文件的Python接口。它产生熟悉的Numpy数组样式的格式，类似于本机Python数据类型。H5Py还利用HDF5立即透明压缩模式直接支持协同缩放架构。


import h5py

f = h5py.File('example.h5', 'r')
data = f['my_dataset']

print data[0:10,:] # 输出前10行

十、h5ad文件

h5ad是Seurat软件的用于保存单细胞RNA测序数据的文件格式。它基于H5文件格式和AnnData格式，并存储大量细胞-基因计数矩阵数据，包括各种注释和元数据信息。H5AD可以使用h5py或AnnData python库进行读写

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