一、ENA数据库用法
ENA（European Nucleotide Archive）是欧洲核苷酸存档库，是欧洲分子生物学研究所（EMBL）网络，存储了全球各地从不同生物界的超过2万亿个碱基对的描述信息，是当前全球最大的核苷酸序列数据库之一。
ENCORI数据库是基于ENA数据库的基因调控研究平台，致力于基因调控网络的研究，提供了基于RNA、miRNA和TFs（转录因子）的互作网络、基因表达谱、表观基因组谱和遗传突变谱等多种类型的基因组数据，并提供了基于这些数据的分析工具和应用。在ENCORI数据库中，用户可以方便地在ENA数据库中搜索、查询和获取自己所需的生物学数据。
下面是一个使用ENA数据库的例子：
from Bio import Entrez
Entrez.email = "example@xxx.com"
handle = Entrez.einfo()
rec = Entrez.read(handle)
for db in rec["DbList"]:
print(db)二、EN数据库
EN数据库是生物科学研究中经常使用的基因、蛋白质和代谢产物等生物信息学资料的存储库，EN数据库是ENCORI数据库的核心部分，包含了大量的生物学数据，包括mRNA、miRNA和TFs等等。EN数据库所提供的数据可以帮助用户进行各种类型的基因表达及调控的研究。
下面是一个查询EN数据库的例子：
import requests
url = 'http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/addList'
payload = {
'list': (None, 'CDK2\nP53\nBRCA1\nE2F1\n'),
'description': (None, 'Example gene list')
}
response = requests.post(url, files=payload)
print(response.json())三、数据库onprimary意思
数据库onprimary意思是数据存储在计算机本地硬盘上，通常是磁盘阵列等存储设备，与Network Attached Storage（NAS）和Storage Area Network（SAN）等网络存储设备不同，在计算机硬盘上对数据进行存储，以提高数据的安全性和可靠性。
在ENCORI数据库中，数据的存储方式是onprimary方式，这种存储方式可以保证数据的稳定性和安全性，在数据的传输和存储过程中减少了数据丢失和损坏的风险。
下面是一个使用onprimary存储方式的例子：
import pymysql
conn = pymysql.connect(host='localhost', user='user', password='password')
cursor = conn.cursor()
cursor.execute('CREATE DATABASE onprimary_test')
cursor.execute('USE onprimary_test')
cursor.execute('CREATE TABLE users (id INT, name VARCHAR(255), age INT)')
cursor.execute('INSERT INTO users VALUES (1, "Alice", 25)')
cursor.execute('INSERT INTO users VALUES (2, "Bob", 30)')
conn.commit()
cursor.execute('SELECT * FROM users')
for row in cursor.fetchall():
print(row)
conn.close()四、基因调控研究平台
ENCORI数据库是基于ENA数据库之上的一种基因调控研究平台，它是一个多功能的工具，可以帮助用户进行基因调控网络的研究，提供了RNA、miRNA和TFs之间的互作网络、基因表达谱、表观基因组谱和遗传突变谱等多种类型的基因组数据，这些数据可以帮助用户进行各种类型的基因表达及调控的研究。
下面是一个基于ENCORI数据库进行基因调控研究的例子：
import requests
url = 'http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/enrich'
genes = ['JUN', 'FOS', 'CDKN1A', 'MAPK1']
payload = {
'list': (None, '\n'.join(genes)),
'backgroundType': (None, 'Total'),
'enrichrDescriptions': (None, 'Example enrichment'),
'userListId': (None, '')
}
response = requests.post(url, files=payload)
print(response.json())原创文章，作者：小蓝，如若转载，请注明出处：https://www.506064.com/n/308527.html
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