基于GenomeBrowser的基因组浏览器的详细阐述

一、简介

GenomeBrowser是一种允许用户浏览基因组并导航到不同基因、SNP和其他功能的工具。它在研究基因组结构和功能的过程中起着重要的作用，包括发现新基因、解析基因组结构和功能以及比较不同物种的基因组。GenomeBrowser把基因组数据可视化，帮助用户在各种注释信息、DNA序列、基因家族和其他重要生物学特征之间进行导航和可视化比较。本文将介绍GenomeBrowser的基本知识和使用方法。

二、基本功能和用途

1、查看基因组结构和功能

通过使用GenomeBrowser，用户可以查看基因组中的基因和其他功能元素的位置。使用图形界面和搜索工具，用户可以快速找到感兴趣的特定基因或位点。

<div id="example1" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "Public Human",
    chr: "HG19",
    container: "example1",
    sources: [{
        name: "UCSC Genes",
        type: "annotation",
        format: "bed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/ucscGenes.bed.gz"
    }]
});
</script>

2、比较不同物种和样本的基因组浏览

GenomeBrowser支持多种基因组比较方法。用户可以比较不同物种或不同样本的基因组，将注释信息和变异位点进行可视化，以帮助解释和比较生物学过程和现象。

<div id="example2" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "Human vs. Mouse",
    chrs: ["HG19", "MM9"],
    refSeqs: [
        { id: "hg19", name: "Homo sapiens (hg19)", path: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19.2bit" },
        { id: "mm9", name: "Mus musculus (mm9)", path: "http://www.biodalliance.org/datasets/mm9.2bit" }
    ],
    container: "example2",
    sources: [{
        name: "Human RefSeq genes",
        type: "annotation",
        format: "bigbed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/refseq.bb"
    }, {
        name: "Mouse RefSeq genes",
        type: "annotation",
        format: "bigbed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/mm9/refseq.bb"
    }]
});
</script>

三、工具和高级功能

1、选定基因/区域并导航

使用GenomeBrowser，用户可以指定任何一个基因或区域，快速地导航到该区域。同时，用户还可以选择特定的注释类型和搜索功能，以便有效的查找和导航到感兴趣的功能元素。

2、自定义样式和布局

GenomeBrowser支持用户自定义布局和配置，以便更好地满足用户的需求。通过更改颜色、字体、注释类型等设置，用户可以使基因组数据更易读、更有认知价值。

<div id="example3" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "Custom Layout",
    chr: "HG19",
    start: 95000000,
    end: 95050000,
    container: "example3",
    sources: [{
        name: "UCSC Genes",
        type: "annotation",
        format: "bed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/ucscGenes.bed.gz"
    }],
    ui: {
        showToolBar: true,
        showCommandBar: true,
        showNavigator: true,
        showTrackSettings: true,
        showTrackLabels: "onmouseover"
    },
    layout: [{
        id: "refseqs",
        type: "native",
        format: "native",
        dataType: "json",
        height: 50,
        key: "feature",
        dataFrom: "input"
    }],
    style: {
        "<html><head><style>.title { color: red; }</style></head><body>": true,
        ".title": {
            fontSize: "x-large",
            fontWeight: "bold"
        }
    }
});
</script>

3、分析和可视化数据

GenomeBrowser对于数据的分析和可视化也提供了较强支持。用户可以更改图像中数据的处理方式、颜色和显示方式，以更好地表现和理解该数据。

<div id="example4" style="width:850px;height:500px"></div>

<script type="text/javascript">
var browser = new GenomeBrowser({
    name: "ChIP-Seq Data",
    chr: "HG19",
    start: 79296128,
    end: 79346128,
    container: "example4",
    sources: [{
        name: "ChIP-seq example",
        type: "quantitative",
        format: "bedgraph",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/chipseq.bb",
        opacity: 0.75
    }],
    sourcesOverlay: [{
        name: "UCSC Genes",
        type: "annotation",
        format: "bigbed",
        url: "http://www.biodalliance.org/datasets/hg19/refseq.bb"
    }],
    style: {
        ".zoom-slider": {
            backgroundColor: "white"
        },
        ".tooltip": {
            border: "1px solid gray",
            padding: "5px"
        },
        ".hilite": {
            backgroundColor: "#DDD"
        },
        ".default": {
            backgroundColor: "rgba(111, 168, 220, 0.7)",
            border: "none"
        }
    },
    ui: {
        showTrackSettings: true,
        showDataRangeControls: true,
        showNavButton: true,
        showSelectorButton: true,
        showShareButton: false
    },
    analysis: {
        type: "minMax",
        height: 60,
        style: {
            ".highlight": {
                backgroundColor: "#696",
                opacity: "0.5"
            }
        }
    }
});
</script>

四、结论

通过GenomeBrowser，用户可以浏览和可视化不同物种的基因组数据，进而了解基因组结构和功能。GenomeBrowser具有丰富的功能和工具，使用户能够有效分析、比较和理解基因组数据。

原创文章，作者：小蓝，如若转载，请注明出处：https://www.506064.com/n/240017.html