一、Velocyto是什么？
1、Velocyto是一个用于分析单细胞转录组数据的工具。
2、Velocyto包含两位创始人，他们在2018年发表的文章引起了广泛关注
3、Velocyto利用转录前修饰的信号呈现基因速率变化。
# 安装velocyto
! pip install velocyto
二、Velocyto的特点有哪些？
1、Velocyto可以检测潜在基因的运输目的地。
2、Velocyto可以将细胞分为不同的类型，并检测细胞类型的转录变化。
3、Velocyto还可以检测细胞内基因的位置，从而解析单细胞RNA速率地图。
# 导入velocyto
import velocyto as vcy
三、Velocyto应用的优势
1、Velocyto可以处理大规模的单细胞转录组数据，并即使实时展示情况。
2、Velocyto提供了多种可视化方法，使得研究人员更好地解析RNA数据。
3、Velocyto具有开源的特点，可以给更多的研究人员提供帮助。
# 读取数据集
adata = vcy.read_mtx("data.mtx")
# 规范化表达矩阵
adata = vcy.pp.normalize_per_cell(adata)
四、Velocyto的应用场景有哪些？
1、Velocyto可以对肿瘤细胞的获得性淋巴细胞转录组进行分析，启示肿瘤治疗的新思路。
2、Velocyto还可以用于研究不同类型人口的RNA速率变化，以及RNA速率变化与人群健康的关联。
3、Velocyto还可以用于研究不同组织、不同细胞类型的RNA速率变化，从而深入理解生物学的本质。
# 生成速率图
vcy.tl.velocity_graph(adata)
# 绘制UMAP图
vcy.pl.velocity_embedding_stream(adata, basis='umap', color='cell_type', ncols=3)
原创文章，作者：小蓝，如若转载，请注明出处：https://www.506064.com/n/231532.html
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