Picrust是一种将16S rRNA测序数据用于生物学样品的功能进行推断的计算机程序。Picrust对物种功能分析非常有效。其可以对菌群元组进行功能预测，以便更好地了解群体对于生命的贡献，从而推断它们的功能特性。
一、Picrust的发音和含义
Picrust名称来源于成语“Piecing together the carbon cycle”。其中，“Piecing”代表了整合菌群物种的功能，“carbon cycle”代表了细菌对于生化循环中不同元素的转换。因此Picrust的功能预测工具，是帮助认识细菌对生命过程中的贡献，并对未知的菌群进行预测的工具。
二、Picrust的功能预测
Picrust的主要功能主要是对细菌进行功能预测。在分析16S rRNA数据时，通常只能鉴定物种的分布和数量，但无法获得某一物种的具体功能。因此，在了解一个菌群的时候，我们需要知道它们在什么样的环境中生长，以及哪些基因和分子参与其中。利用Picrust进行分析后，我们可以获得每一个菌群的遗传种类，并把这些信息与已知的基因信息进行匹配，从而推断该菌群生态角色和代谢功能。
下面是picrust命令的示例：
pick_closed_reference_otus -i otus.fasta -o otu_table.biom -r silva_132_99_16S.fna -t silva_132_99_16S_taxonomy.txt -p pick_otus_params.txt -n 30 -f原创文章，作者：小蓝，如若转载，请注明出处：https://www.506064.com/n/181479.html
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