PubChem详解及使用方法

LQQJ • 2024-10-14 18:48 • 编程

一、 pubchem怎么读

PubChem是一个面向公众的免费化合物数据库，为科学家、医生、工程师等研究人员提供了一个极好的平台。如果您想了解PubChem数据库，可以通过以下几种方式：

1、访问官网：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/，并阅读网站提供的帮助文档和教程。

2、阅读相关论文或书籍，例如：《PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules》。

3、参加一些科研或开发团队的培训课程，例如：Mol2Vec&PubChem Workshop。

二、 pubchem上面的构象就是正确构象吗

PubChem上显示的构象，一般是最稳定的构象。但并不意味着这是唯一正确的构象。因此，在进行研究或开发时，需要结合实验数据和其他计算结果，对构象进行进一步确认。

三、 pubchem数据库使用方法

PubChem数据库可以根据多种条件进行检索，如化合物名称、式量、CAS号等，同时也提供了各种工具和服务，如三维软件、下载和web服务，帮助用户在研究或开发中更好地利用其提供的数据和信息。

四、 pubchem怎么用

PubChem提供了几种数据获取和下载方式，包括PubChem Substance ID，PubChem Compound ID等。用户可以选择最适合自己的方式来获取和下载数据。

五、 chemicalbook

Chemical Book是一家提供化学品报价、化学品参数、化学品若干费士标准、MSDS等相关信息的专业化学品网站。与PubChem类似，Chemical Book为用户提供了丰富的化学信息和工具，在研究和开发中有很多的使用价值。

六、 pubmed官网入口

Pubmed是一款由美国国立卫生研究院（NIH）所提供的、免费的医学文献数据库。Pubmed收录了来自世界各地的超过3000个医学期刊、约220万篇论文。因此，对于那些需要获取医学文献并进行研究和应用的科研人员非常有用。

七、 pubChem数据库如何看mol

def show_mol(mol_id):
    """使用rdkit库展示分子图片"""
    import requests
    from rdkit import Chem
    from IPython.display import display, Image
    from io import BytesIO

    url = f"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/{mol_id}/record/SDF/?record_type=3d&response_type=display"
    response = requests.get(url)
    if response.status_code == 200:
        mol = Chem.SDMolSupplier(BytesIO(response.content))
        mol = next(mol)  # 获取第一个构象
        if mol:
            image = Chem.Draw.MolToImage(mol)
            display(Image(image))
        else:
            print("mol为空，请检查mol_id的正确性")
    else:
        print(f"请求错误，错误代码{response.status_code}")

上述代码通过请求PubChem Rest API获取一个3D mol文件，并使用rdkit库展示分子图片。在输入mol_id并调用该函数后，即可直接在Notebook中展示分子图片。

八、 pubchem怎么下载3d化合物

def download_conformer(mol_id):
    """下载PubChem 3D结构"""
    import requests

    url = f"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/{mol_id}/record/SDF/?record_type=3d&response_type=save&response_basename=structure3D_CID_{mol_id}"
    response = requests.get(url)
    if response.status_code == 200:
        with open(f"{mol_id}.sdf", "wb") as f:
            f.write(response.content)
            print(f"分子{mol_id}的3D结构已成功下载！")
    else:
        print(f"下载失败，错误代码{response.status_code}")

上述代码通过请求PubChem Rest API获取一个3D mol文件，并将其下载到本地，最终以mol_id作为文件名保存到当前目录下。在输入mol_id并调用该函数后，即可将PubChem中的3D结构下载到本地。

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